我怎样才能使我的 R 会话香草？

Question

这是对上一个问题How can I ensure a consistent R environment among different users on the same server?的后续澄清

我想从 R 中进入“普通”R 会话，例如类似于我使用命令 R --vanilla 启动 R 时获得的结果。例如，我想编写一个不受特定用户自定义设置混淆的脚本。

我特别想要以下内容

• 不读取 R 历史记录、配置文件或环境文件
• 不会从以前的会话中重新加载数据或对象

help("vanilla") 不返回任何内容，而且我对自定义设置的范围不够熟悉，不知道如何摆脱所有这些设置。

有没有办法进入新的香草环境？ （?new.env 似乎没有帮助）

Answer 1

您不能只将当前会话设为普通会话，但您可以像这样从 R 中开始新的普通 R 会话

> .Last <- function() system("R --vanilla")
> q("no")

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我认为您可能会在使用上述内容时遇到问题，因为在 R 重新启动后，您的脚本的其余部分将不会执行。使用以下代码，R 将在退出之前运行.Last。 .Last 会告诉它在不读取站点文件或环境文件的情况下重新启动，并且不打印启动消息。重新启动后，它将运行您的代码（以及进行其他一些清理工作）。

wd <- getwd()
setwd(tempdir())
assign(".First", function() {
  #require("yourPackage") 
  file.remove(".RData") # already been loaded
  rm(".Last", pos=.GlobalEnv) #otherwise, won't be able to quit R without it restarting
  setwd(wd)
  ## Add your code here
  message("my code is running.\n")
}, pos=.GlobalEnv)

assign(".Last", function() {
  system("R --no-site-file --no-environ --quiet")
}, pos=.GlobalEnv)
save.image() # so we can load it back when R restarts
q("no") 

Answer 2

恕我直言，可重复的研究和交互式会话不能很好地结合在一起。您应该考虑编写从命令行调用的可执行脚本，而不是从打开的交互式会话中调用。在脚本顶部，将--vanilla 添加到shebang：

#!/path/to/Rscript --vanilla

如果您的脚本需要读取输入（参数或选项），您可以使用?commandArgs 或getopt 或optparse 两个包之一从命令行解析它们。

如果用户确实需要在交互式会话中完成自己的工作，那么他仍然可以这样做并通过system() 调用您的脚本：您的脚本仍将使用其自己的普通会话。在传递输入和输出方面只需要做一些额外的工作。