将环境 conda 中的 shell 命令与蛇形工具中的 python 脚本混合

Question

我想将环境 conda 中的 shell 命令与任何 Python 脚本混合使用，因此无法使用“运行”部分...

我试过了：

shell:"""
   gunzip -c {input.ech} | NanoFilt -l {params.min_length} --maxlength {params.max_length} -s {input.summary} -q {params.q} --readtype {params.rd} | gzip > Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz   
   python3 reinit.py
   while [[ -f Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz ]] && [[ grep -c '>' Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz < {params.cov} ]]; do
       python3 quality_minor.py
       gunzip -c {input.ech} | NanoFilt -l {params.min_length} --maxlength {params.max_length} -s {input.summary} -q {params.q} --readtype {params.rd} | gzip > Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz
   done
   mv Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz {output} 
"""

我有非零退出状态 1 错误

重新初始化.py：

import yaml

with open("config_wf.yaml") as f:
    old_yaml = yaml.load(f)

old_yaml["params"]["filtration"]["quality"] = old_yaml["params"]["filtration"]["quality_fix"]  

with open("config_wf.yaml", 'w') as f:
    yaml.dump(old_yaml, f, default_flow_style=False)

quality_minor.py：

import yaml

with open("config_wf.yaml") as f:
    old_yaml = yaml.load(f)

old_yaml["params"]["filtration"]["quality"] -= 1

with open("config_wf.yaml", 'w') as f:
    yaml.safe(old_yaml, f, default_flow_style=False)

你对我有什么想法吗？
最好的问候，

伊娃

Answer 1

看起来您的 python 脚本正在更改工作流的配置 yaml，而不是将其直接传递给 nanofilt 命令。那你是不是死循环了？配置 yaml 在启动 snakemake 过程时被读取，因此在规则中更改它应该没有效果。

您可以通过snakemake 实现此目的，在输入函数中尝试对参数进行尝试，其中每次失败都会减少参数，并且当过滤不好时作业会失败。

更简洁的解决方案是编写一个 python 脚本，将 nanofilt 用作库并包装其执行。 main method 是直截了当的。建立你的 args 并根据需要进行调整，然后所有的评估代码和循环都将在 python 中。

Answer 2

Snakemake shell 不支持循环的 bash 语法。我看到了两种可能的解决方案。

首先，您可以将此代码包装到 .sh 文件中并从 shell 部分运行：

shell: "run.sh"

接下来，您可以使用 run 部分中的 shell 函数运行每个命令：

run:
    shell("""gunzip -c {input.ech} | NanoFilt -l {params.min_length} --maxlength {params.max_length} -s {input.summary} -q {params.q} --readtype {params.rd} | gzip > Working_space_ont/01_nanofilt/{wildcards.sample}_filt_{params.q}.fastq.gz""")
    shell("python3 reinit.py")
    # Implement your logic in Python
    ...