通过使用 cwl 修改输入字符串来指定标准输出答案

【问题标题】：specifying stdout by modifying an input string with cwl通过使用 cwl 修改输入字符串来指定标准输出
【发布时间】：2016-05-07 16:38:52
【问题描述】：

我想使用 cwl（通用工作流语言）编写一个简单的命令包装器。例如，我想执行以下操作：

wc input.txt > input.txt.wc
wc some_folder/some_other_input > some_folder/some_other_input.wc

所以，基本上我希望代码将 .wc 放在输入文件名之后并将其用作输出文件名。我写了下面的代码，但它没有用。（见下面的错误信息）。有人知道如何解决吗？

wc2.cwl

cwlVersion: cwl:draft-3
class: CommandLineTool
baseCommand: wc
inputs:
  - id: inputfile
    type: File
    inputBinding:
      position: 1
  - id: outfilename
    type: string
      inputBinding:
        valueFrom: ${ $(inputs.inputfile.path) + '.wc' }
outputs:
  - id: outputfile
    type: File
    outputBinding:
      glob: $(inputs.outfilename)
stdout: $(inputs.outfilename)

wc2-job1.yml

inputfile:
  class: File
  path: input.txt

运行

$ cwl-runner wc2.cwl wc2-job1.yml
/home/ec2-user/venv/cwl/bin/cwl-runner 1.0.20160504183010
I'm sorry, I couldn't load this CWL file, try again with --debug for more information.
mapping values are not allowed here
  in "file:///home/ec2-user/cwl.examples/hello.workflow2/wc2.cwl", line 11, column 19

【问题讨论】：

标签： amazon-web-services workflow yaml

【解决方案1】：

在CWL 输入中，您必须定义将出现在创建的命令行中的参数。 wc 流到标准输出，则无需在输入中指定 outfilename。勾选man wc，显示所有wc参数。

这是您可以使用的解决方案，但我认为不是完美的解决方案！

wc2.cwl

#!/usr/bin/env cwl-runner
cwlVersion: cwl:draft-3
class: CommandLineTool
baseCommand: wc
requirements:
  - class: InlineJavascriptRequirement

stdout: $(inputs.inputfile.path.replace(/^.*[\\\/]/, '').replace(/\.[^/.]+$/, '') + '.wc')
inputs:
  - id: inputfile
    type: File
    inputBinding:
      position: 1
outputs:
  - id: outputfile
    type: File
    outputBinding:
      glob: $(inputs.inputfile.path.replace(/^.*[\\\/]/, '').replace(/\.[^/.]+$/, '') + '.wc')

【讨论】：

【解决方案2】：

标准输出：$(inputs.outfilename) 成为，标准输出：$(inputs['outfilename'])

【讨论】：

请在您的回答中添加解释。

【解决方案3】：

根据Common Workflow Language User Guide: Capturing Standard Output 以及https://www.commonwl.org/v1.0/CommandLineTool.html#stdout 中列出的示例，要指定捕获标准输出的文件名，请定义stdout: filename 和outputs: type: stdout：

wc2.cwl

cwlVersion: cwl:v1.0
class: CommandLineTool
baseCommand: wc
inputs:
  - id: inputfile
    type: File
    inputBinding:
      position: 1
outputs:
  - id: outputfile
    type: stdout
stdout: $(inputs.inputfile.basename).wc

【讨论】：