Conda 将一个 environment.yml 导入另一个

Question

考虑将具有依赖项的 Python 子模块导入到具有自己的依赖项的项目中的情况。假设子模块有它的environment.yml 文件，而项目本身有一个environment.yml 文件。

有没有一种方法可以创建一个包含这两种环境规范的环境，如果有，你会怎么做？ （或者有没有更好/更首选的方法来处理这种情况？）

Answer 1

我猜你是开发子模块和项目的人，因为依赖项仍在 environment.yml 文件中。

选项 1：使用子模块的 environment.yml 更新项目环境

不幸的是，如果您的子模块依赖于 conda 包，这可能是您唯一的选择。

# First create the project environment
$ conda env create --force -f project_environment.yml

# Then update with submodule dependencies
$ conda env update -n project-env-name --file submodule_environment.yml

这不太理想，因为基本预期是您导入的库带有自己的依赖项。

选项 2：将依赖项放入相应的 requirements.txt 文件中

这仅适用于可以通过 pip 从 PyPi 安装子模块依赖项的情况。先把项目和子模块的依赖放到各自的requirements.txt文件中。

然后重组environment.yml 文件，如下所示：

submodule_environment.yml

name: submodule-env-name
channels:
  - defaults
dependencies:
- python=3.6.3             # no conda dependencies
- pip:
    - -r requirements.txt  # <--- submodule dependencies

project_environment.yml

name: project-env-name
channels:
  - defaults
dependencies:
- python=3.6.3
- pip:
    - -r requirements.txt                    # <--- project dependencies
    - -r project/submodule/requirements.txt  # <--- submodule dependencies

这样你可以完全忽略submodule_environment.yml文件，然后用一条命令创建项目环境。

$ conda env create --force -f project_environment.yml

如果您的 submodule 依赖于 conda 包，则此方法将不起作用。如果是这样，那么选项 1 是您的最佳选择。

选项 3：打包子模块（理想）

假设子模块没有 conda 依赖项，那么最好只从子模块中制作一个单独的包。创建一个setup.py 并将所有依赖项放入install_requires 字段。这是setup.py 文件应该是什么样子的模板。

打包后，您可以执行以下操作：

• 使用以下命令在本地安装：
  • pip install .
• 上传到 github 或 bitbucket 并使用以下命令安装：
  • pip install git+https://github.com/username/submodule.git --upgrade
• 上传到 github 或 bitbucket 并在pip 下的requirements.txt 或environment.yml 中添加以下内容：
  • git+https://github.com/username/submodule.git#egg=submodule