避免在 sweave/pgfsweave 编译期间显示图形答案

【问题标题】：avoid displayed figures during sweave/pgfsweave compilation避免在 sweave/pgfsweave 编译期间显示图形
【发布时间】：2011-11-26 03:34:30
【问题描述】：

当使用 sweave/pgfsweave 编译时，每次在 R 中创建图形时，它都会显示在图形窗口中（在 sweave 编译过程中）。这在许多情况下很有帮助，因为我可以看到在编译文档时这些数字的样子。

但是当我通过 ssh 编译一个大文件时，这可能会很慢。有没有办法告诉 sweave/pgfsweave 在编译过程中避免显示图形（尽管我仍然希望在最终的 pdf 文档中显示图形）。

【问题讨论】：

标签： r sweave

【解决方案1】：

对于交互式会话，figs.only Sweave 选项控制此行为。要将图形仅绘制到目标图形文件（不到控制台图形窗口）设置figs.only=TRUE。

如RweaveLatex 帮助文件中所述：

figs.only：逻辑（'FALSE'）。默认情况下，每个图形块都运行一次，然后为每个选定的图形类型重新运行。那将为第一个图形打开一个默认图形设备大块并使用该设备进行所有的第一次评估随后的块。如果此选项为真，则图形块仅针对每种选定类型的图形运行，其中一个新的图形设备打开然后关闭。

与其他 Sweave 选项一样，您可以设置此选项：(1) 用于当前编译（例如 Sweave("example.Rnw", figs.only=TRUE)；(2) 在 .Rnw 文件中，使用 \SweaveOpts{figs.only=TRUE}；或 (3) 作为全局默认情况下，将SWEAVE_OPTIONS="figs.only=TRUE" 放入，例如$R_HOME/etc/Renviron.site

【讨论】：

我推荐（2），因为它是独立的（所以总是可重现的）； (1) 不好，(3) 更糟。
@Yihui -- 感谢您的补充。另外（虽然有点离题）非常感谢您在 formatR 包上所做的工作。

【解决方案2】：

figs.only 是正确的做法，我还想在这里提一下 R 中的默认图形设备：

现在你可以看看这个：http://yihui.name/en/2010/12/a-special-graphics-device-in-r-the-null-device/

在 R 2.14.1（尚未发布）之后，您将能够将默认设备设置为空 PDF 设备，既安全又快速：https://github.com/yihui/knitr/issues/9

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您从命令行而不是在交互式会话中切换，则不会在交互式图形窗口中生成图形。

您可以从命令行运行 R，只需键入 R CMD Sweave mydoc.Rnw 或通过批处理文件或大型项目的生成文件。我已经开始为我的许多 sweave 文档使用 makefile，因为它可以处理依赖关系，可以自行清理等等。

【讨论】：

【解决方案4】：

一个选项可能是

<<label=myplotlabel, fig=TRUE, include=FALSE>>=
graph code
@

然后

\begin{figure}[h]
   \includegraphics[width=6cm, height=6cm]{myplotlabel}
   \caption{My Plot}
   \label{fig:label}
\end{figure}

【讨论】：