访问规则中的嵌套配置变量答案

【问题标题】：Access nested config variables in a rule访问规则中的嵌套配置变量
【发布时间】：2017-12-28 06:29:46
【问题描述】：

我是 Snakemake 的新手，并试图弄清楚嵌套配置值如何/是否有效。我已经创建了以下配置文件...

# dummyconfig.json
{
    "fam1": {
        "numchr": 1,
        "chrlen": 2500000,
        "seeds": {
            "genome": 8013785666,
            "simtrio": 1776,
            "simseq": {
                "mother": 2053695854357871005,
                "father": 4517457392071889495,
                "proband": 2574020394472462046
            }
        },
        "ninherited": 100,
        "ndenovo": 5,
        "numreads": 375000
    }
}

...在我的 Snakefile 中遵守这条规则（以及其他规则）。

# Snakefile
rule simgenome:
    input:
        "human.order6.mm",
    output:
        "{family}-refr.fa.gz"
    shell:
        "nuclmm simulate --out - --order 6 --numseqs {config[wildcards.family][numchr]} --seqlen {config[wildcards.family][chrlen]} --seed {config[wildcards.family][seeds][genome]} {input} | gzip -c > {output}"

然后我想通过调用snakemake --configfile dummyconfig.json fam1-refr.fa.gz 创建fam1-refr.fa.gz。当我这样做时，我收到以下错误消息。

Building DAG of jobs...

rule simgenome:
    input: human.order6.mm
    output: fam1-refr.fa.gz
    jobid: 0
    wildcards: family=fam1

RuleException in line 1 of /Users/standage/Projects/noble/Snakefile:
NameError: The name 'wildcards.family' is unknown in this context. Please make sure that you defined that variable. Also note that braces not used for variable access have to be escaped by repeating them, i.e. {{print $1}}

所以fam1 被正确识别为family 通配符的值，但似乎{config[wildcards.family][numchr]} 这样的变量访问不起作用。

是否可以通过这种方式遍历嵌套配置，或者Snakemake是否只支持顶级变量的访问？

【问题讨论】：

标签： python configuration snakemake

【解决方案1】：

解决它的一种方法是使用params 并解析shell 块之外的变量。

rule simgenome:
    input:
        "human.order6.mm",
    output:
        "{family}-refr.fa.gz"
    params:
        seed=lambda w: config[w.family]['seeds']['genome'],
        numseqs=lambda w: config[w.family]['numchr'],
        seqlen=lambda w: config[w.family]['chrlen']
    shell:
        "nuclmm simulate --out - --order 6 --numseqs {params.numseqs} --seqlen {params.seqlen} --seed {params.seed} {input} | gzip -c > {output}"

【讨论】：