错误：（1431.1）FASTA-Reader：警告：FASTA-Reader：标题很长：1127 个字符（最多 1000 个）答案

【问题标题】：Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Title is very long: 1127 characters (max is 1000)错误：（1431.1）FASTA-Reader：警告：FASTA-Reader：标题很长：1127 个字符（最多 1000 个）
【发布时间】：2014-04-06 04:54:45
【问题描述】：

我正在我的 de novo 转录组组装上运行 blastx。当程序仍在运行时，我收到了类似这样的错误：

Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Title is very  long: 1127 characters (max is 1000)

...和其他字符数不同的地方。我已经在网上搜索了这个特定的错误，但我似乎没有找到任何关于它的东西。我希望遇到过它的人可以帮助我理解它的含义，特别是如果我应该停止运行并从不同的参数开始或对我的程序集进行一些更改。

【问题讨论】：

标签： warnings fasta blast genetics

【解决方案1】：

我在 ncbi-blast-2.2.29+ 版本中遇到了同样的问题。然后，我使用了旧版本（2.2.25+）并且 makeblastdb 对我来说工作得很好，没有这两个消息错误：

错误：(1431.1) FASTA-Reader：警告：FASTA-Reader：标题很长：1141 个字符（最多 1000 个）

错误：(1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Ignoring FASTA modifier(s) found because input is not expected to have any.

好吧，您也可以使用旧版本，直到开发人员解决问题。

【讨论】：

我已经弄清楚了奇怪的修饰符警告是什么，并将其作为错误报告给 NCBI - 请参阅blastedbio.blogspot.co.uk/2014/04/…

【解决方案2】：

你有想过这个吗？我在使用 Trinity 程序集生成的 fasta 文件时遇到了同样的问题。 fasta 文件没有以任何方式更改，所以我不确定为什么会有问题。我做了一些研究，找到了产生这个错误的源代码：

void CFastaReader::ParseTitle(
00848     const SLineTextAndLoc & lineInfo, IMessageListener * pMessageListener)
00849 {
00850     const static size_t kWarnTitleLength = 1000;
00851     if( lineInfo.m_sLineText.length() > kWarnTitleLength ) {
00852         FASTA_WARNING(lineInfo.m_iLineNum,
00853             "FASTA-Reader: Title is very long: " << lineInfo.m_sLineText.length()
00854             << " characters (max is " << kWarnTitleLength << ")",
00855             ILineError::eProblem_TooLong, "defline");
00856     }

此代码位于：enter link description here

【讨论】：

我也给用户组发了邮件，我会及时通知你。
我所做的基本上是裁剪 FASTA 序列的标题，并且只有必要的代码。例如，在参考数据库中，仅使用基因和转录本的代码并删除所有其余部分。如果需要，您可以提取标题并在以后进行通信。如果您想进行交互爆炸，则装配头也是如此。在我这样做之后，一切正常。
我最终做了同样的事情，你是对的，在那之后它工作得很好。非常感谢！

【解决方案3】：

我最终使用单行来解析 fasta 标头中的无关信息：

sed -e 's/>* .*$//' original.fasta > truncated.fasta

但我建议先在测试文件上执行此操作，因为您的标题很可能与我的不同。

感谢指点！

【讨论】：