在 setup.py 中安装 numpy + pandas 作为依赖项

Question

通过 setuptools 安装 numpy + pandas 作为 setup.py 中的依赖项对我不起作用。这与缺少依赖关系无关。如果我通过pip install numpy 安装numpy，然后python setup.py develop 一切正常。如果我正确理解setuptools 文档，则所有软件包都是先构建然后安装的。因此，numpy 已构建，但在 pandas 构建时未安装。

作为一种解决方法，我将numpy 添加到我的setup_requires。这很好用，但显然不是一个非常干净的解决方案。

有人知道通过 setuptools 安装 numpy + pandas 的干净解决方案（仅限 Linux 即可）吗？

更新：

依赖配置通过

install_requires=['numpy','pandas']

无论我是显式添加 numpy 还是只添加 pandas，都没有区别。在这两种情况下，都会下载并构建 numpy，但 pandas 无法构建，因为找不到某些标头（可能是在 numpy 的安装步骤中安装的，但不是在构建时安装的）。如果我先安装 numpy，一切正常。我可以 100% 重现这一点，并且独立于我正在从事的项目。

更新 2：

这是堆栈跟踪的结尾：

  File "/tmp/easy_install-QMa4ce/pandas-0.14.1/temp/easy_install-f6lreI/numpy-1.9.0/numpy/distutils/command/build_src.py", line 153, in run
  File "/tmp/easy_install-QMa4ce/pandas-0.14.1/temp/easy_install-f6lreI/numpy-1.9.0/numpy/distutils/command/build_src.py", line 170, in build_sources
  File "/tmp/easy_install-QMa4ce/pandas-0.14.1/temp/easy_install-f6lreI/numpy-1.9.0/numpy/distutils/command/build_src.py", line 329, in build_extension_sources
  File "/tmp/easy_install-QMa4ce/pandas-0.14.1/temp/easy_install-f6lreI/numpy-1.9.0/numpy/distutils/command/build_src.py", line 386, in generate_sources
  File "numpy/core/setup.py", line 432, in generate_config_h

  File "numpy/core/setup.py", line 42, in check_types
    entry_points={
  File "numpy/core/setup.py", line 293, in check_types

SystemError: Cannot compile 'Python.h'. Perhaps you need to install python-dev|python-devel.

最后的信息肯定是错误的。如果我在运行python setup.py develop 之前执行pip install numpy 一切正常。在上面的例子中，我在install_requires 中只有pandas，没有numpy。但据我所知，numpy 是否显式添加没有区别。

Answer 1

请参考未解决的问题https://github.com/numpy/numpy/issues/2434。

这是 numpy 中的一个已知错误，因为它与 setuptools 相关。

正如那里所讨论的，使用$ pip install -e . 而不是$ python setup.py develop——结果相同，但避免了这个问题。

Answer 2

这些应该用 install_requires kwarg 的 setup 声明。这里是an example project, geopandas, which requires pandas：

setup(name='geopandas',
      version=FULLVERSION,
      description='Geographic pandas extensions',
      license='BSD',
      author='Kelsey Jordahl',
      author_email='kjordahl@enthought.com',
      url='http://geopandas.org',
      long_description=LONG_DESCRIPTION,
      packages=['geopandas', 'geopandas.io', 'geopandas.tools'],
      install_requires=[
        'pandas', 'shapely', 'fiona', 'descartes', 'pyproj', 'rtree'],  # here
)

您还可以指定所需的版本，请参阅 setuptools docs，因为您通常需要确保版本是最新的（具有您依赖的功能/错误修复） - 这里是 how I do that in pep8radius.