PETSc 示例不起作用

Question

我有 Windows 7 操作系统。 我已按照PETSc web page 的说明进行操作；在 VS 2005 的命令提示符下，我打开了 cygwin 并使用以下命令安装了 PETSc：

./configure --with-cc='win32fe cl' --with-fc=0 --with-mpi=0 --download-f2cblaslapack

我尝试从网页运行以下示例：

cd src/ksp/ksp/examples/tutorials

make ex2

ex2.c 是一个 c 程序代码。我收到以下错误：

$ make ex2

makefile:18: /conf/variables: No such file or directory

makefile:19: /conf/rules: No such file or directory

makefile:1151: /conf/test: No such file or directory

make: *** No rule to make target `/conf/test'.  Stop.

这是什么原因造成的？

（更重要的是） 我该如何解决？

*edit：我也可以使用一般性答案，因为目前我什至不知道谷歌是为了什么，而且我不想就所有事情都联系 PETSc 支持。

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我决定在 Ubuntu 上工作。所以现在，这就是交易。安装后我写：

gcc -I$PETSC_DIR/include -L$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/lib -libpetsc ex2

在命令行中。我得到错误按摩：

/usr/bin/ld: 找不到 -libpetsc ex2：在函数_start': (.text+0x1bc4): multiple definition of_start' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu/crt1.o:(.text+0x0): 这里首先定义 ex2：在函数_fini': (.fini+0x0): multiple definition of_fini' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o:(.fini+0x0): 这里首先定义 ex2:(.rodata+0x0): _IO_stdin_used' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu/crt1.o:(.rodata.cst4+0x0): first defined here ex2: In function__data_start'的多重定义： (.data+0x0)：__data_start' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu/crt1.o:(.data+0x0): first defined here ex2: In function__data_start'的多重定义： (.data+0x8)：__dso_handle' /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/crtbegin.o:(.data+0x0): first defined here ex2: In function_init'的多重定义： (.init+0x0): `_init' 的多重定义 /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.6/../../../x86_64-linux-gnu/crti.o:(.init+0x0): 这里首先定义 collect2: ld 返回 1 个退出状态

Answer 1

如遇到问题？部分PETSc web page 中所述，对于与make 相关的问题，您需要通过配置打印设置PETSC_DIR 和PETSC_ARCH。

是什么原因造成的？:
src/ksp/ksp/examples/tutorials 目录中的makefile 引用PETSC_DIR 以包含配置文件，即

include ${PETSC_DIR}/conf/variables
include ${PETSC_DIR}/conf/rules

...
include ${PETSC_DIR}/conf/test

现在你正在执行make 就像make ex2 一样（从错误中它表明你没有设置PETSC_DIR 变量），${PETSC_DIR} 是空的，因此make 尝试包含/conf/variables， /conf/rules & /conf/test 文件不存在。

我该如何解决？
您必须按照网站上的说明运行make
make PETSC_DIR=<dir_output_from_configure> PETSC_ARCH=<arch_output_from_configure> ex2
在此之前，您需要正确构建源代码。为了澄清您在问题./configure ... 中提到的内容，它不会安装PETSc，而只会配置用于构建的源。您需要运行make。当你运行configure，如果成功，它会输出包括PETSC_DIR和PETSC_ARCH的配置细节。示例输出：

./configure --with-mpi=0
===============================================================================
             Configuring PETSc to compile on your system                       
===============================================================================
TESTING: alternateConfigureLibrary from PETSc.packages.petsc4py(config/PETSc/packages/petsc4py.py:65)                                                                   Compilers:
...
...
PETSc:
  PETSC_ARCH: arch-linux2-c-debug
  PETSC_DIR: /XXXX/petsc-3.3-p1
  Clanguage: C
  Scalar type: real
  Precision: double
  shared libraries: disabled
  dynamic loading: disabled
  Memory alignment: 16
xxx=========================================================================xxx
 Configure stage complete. Now build PETSc libraries with (cmake build):
   make PETSC_DIR=/XXXX/petsc-3.3-p1 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug all
 or (experimental with python):
   PETSC_DIR=/XXXX/petsc-3.3-p1 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug ./config/builder.py
xxx=========================================================================xxx

然后您运行了make PETSC_DIR=/XXXX/petsc-3.3-p1 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug all，正如configure 的输出中所述。这将构建库。现在您应该能够构建示例了。 （请注意，这是在 Linux 上运行的，你应该几乎可以在 cygwin 上做同样的事情）
旁注：似乎不需要设置PETSC_ARCH 来构建示例，您应该可以使用make PETSC_DIR=<dir_output_from_configure> ex2 进行构建

希望这会有所帮助！

Answer 2

我遇到了同样的问题。你只需要一个修复。在显示上述错误的生成文件中，只需为生成文件中的PETSC_DIR 变量提供值。例如，对我来说是

PETSC_DIR=/Users/kanikas/Documents/research/petsc/petsc-3.5.2

注意：PETSC_DIR 应该是 petsc 的根目录。

Answer 3

我正在直接在 ~/.bashrc 中添加导出路径。这样我就不需要一遍又一遍地写路径。

sudo nano ~/.bashrc

转到文件的最后一行：

#PETScXXX
export PETSC_DIR=/home/username/PETSc/petsc-3-8
export PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug

每次启动 shell 时，您都可以访问正确的 petsc 路径和库。

我希望这对某人有所帮助。 （运行 Xubuntu 16.04 64 位）