【问题标题】:locate missingness in fitted model in R在 R 中找到拟合模型中的缺失
【发布时间】:2023-04-04 13:37:01
【问题描述】:

考虑使用例如 100 个数据点拟合 coxph 模型。分析中仅包含 95 个,而由于为 NA(即缺失)而排除了 5 个。我提取拟合数据的残差,因此我有一个包含 95 个观测值的残差向量。我想将残差包含回原始数据框中,但我不能这样做,因为长度不同。

如何确定原始数据框中的哪些观察结果未包含在模型中,以便排除/删除它们以使两个长度相同?

(原始数据要大得多,所以很难找到数据丢失的地方......)

【问题讨论】:

  • 也许是na.omit,但不确定您到底在追求什么。通常你会提供一个minimal working example
  • 我知道如何查找特定列的缺失值的行,但我不知道 coxph 方法将某些内容归类为“缺失”
  • 您自己排除了这 5 个值,还是 coxph 采取了一些措施?如果是前者,您知道您排除(或包含)的值的索引是什么,因此将观察结果映射到该索引集合。
  • 是后者,谢谢!

标签: r na


【解决方案1】:

重新拟合您的模型,将 na.action 参数设置为 na.exclude。这将使用NAs 填充作为拟合对象一部分的残差和拟合值。如果你原来的模型是zn50

zn50_na <- update(zn50, na.action=na.exclude)

这应该为您提供适当长度的residuals(zn50_na)fitted(zn50_na)。请参阅?na.omit 了解更多信息。

【讨论】:

  • 试过了;缺失值是这样的,所以它是 coxph 计算缺失-> bmi=8165,smoke=12862,dod=299067
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