未找到 SGE 命令，未定义变量

Question

我正在尝试设置新的计算集群，目前在 SGE 中使用 qsub 命令时遇到错误。这是一个显示问题的简单实验：

test.sh

#!/usr/bin/zsh

test="hello"
echo "${test}"

test.sh.eXX

test=hello：找不到命令。

测试：未定义的变量。

test.sh.oXX

警告：无法访问 tty（错误的文件描述符）。

因此在这个 shell 中没有作业控制。

如果我在头节点 (sh test.sh) 上运行脚本，则输出是正确的。我通过输入“qsub test.sh”将作业提交给 SGE。

如果我在已建立的计算集群（如 HPC）上以相同的方式提交完全相同的脚本作业，它会按预期完美运行。什么设置可能导致此问题？

感谢您对此事的任何帮助。

Answer 1

集群上的队列很可能设置为 posix_compliant 模式，默认 shell 为 /bin/csh。 posix_compliant 设置意味着你的 #!行被忽略。您可以将队列更改为 unix_behavior 或使用 qsub 的 -S 选项指定所需的 shell。

#$ -S /bin/sh