在 R shell 中按顺序显示函数参数答案

【问题标题】：Showing function arguments in order in an R shell在 R shell 中按顺序显示函数参数
【发布时间】：2021-03-23 15:01:27
【问题描述】：

当我从终端打开R 时，我可以使用 Tab 键来自动完成函数和对象。通过在函数和( 之后按 Tab 键，函数参数将被列出。但是，在 Ubuntu 中，这些参数似乎是根据它们的声明方式排序的；在macos 中，它们按字母顺序排列。

MacOs 下：

> findInterval(
all.inside=        left.open=         rightmost.closed=  vec=               x=

在 Ubuntu 下：

> findInterval(
x=                 vec=               rightmost.closed=  all.inside=        left.open=

我想在我的 Mac 上使用 Ubuntu 行为。我从终端通过man readline 查看了readline 选项（不确定是否相关），但找不到任何有用的东西。

【问题讨论】：

在启动 R 之前您是否在终端中尝试过：compgen -o nosort？
上面写着-bash: compgen: nosort: invalid option name。如果我制作 compgen -h 并且没有 man 看起来可用，我会得到 compgen: usage: compgen [-abcdefgjksuv] [-o option] [-A action] [-G globpat] [-W wordlist] [-P prefix] [-S suffix] [-X filterpat] [-F function] [-C command] [word]。
令人惊讶，但我在 Debian 上尝试过，而不是 MacOS，请参阅 programmable completion builtins
我也在 Ubuntu 上尝试了相同的输出（但是，我当然希望在 Mac 上进行更改）。
我怀疑 R 控制台不会继承 shell 自动完成行为，即使从终端 shell 窗口启动也是如此。我想知道您是否应该查看 utils 包中的 ?rcompgen 页面？（我们显然没有相同的设置，因为我在终端启动的会话中没有自动完成。我只在 Rstudio 中获得自动完成的变化和在 R.app 中的自动提示）。

标签： r macos readline

【解决方案1】：

要求

在 macOS 下通过终端打开 R
自动补全根据函数参数的声明顺序对其进行排序

如您所见，R 在安装 R-4.0.4.pkg 时按字母顺序排列参数。但是，当 R 与 Homebrew 一起安装时，它们会以预期的顺序显示。

因此，一种可能的解决方案是卸载 R 并通过 Homebrew 安装它。

卸载 R

rm /usr/local/bin/{R,RScript}
sudo rm -r /Applications/R.app
sudo rm -r /Library/Frameworks/R.framework
sudo pkgutil --regexp --forget 'org\.R-project*'

通过 Homebrew 安装 R

brew install R

对我来说，它显示某些目录（如 /usr/local/share/info）对我的用户不可写的错误。复制/粘贴 brew 推荐的内容，例如：

sudo chown -R $(whoami) /usr/local/lib/pkgconfig /usr/local/share/info /usr/local/share/man/man3 /usr/local/share/man/man5

然后重复命令：

brew install R

这次成功了，它还安装了所有依赖项，如 openblas、readline、openssl@1.1 等。

现在，当您启动 R 时，它会显示一系列警告，例如 Setting LC_COLLATE failed。假设您使用的是 zsh，创建或编辑 ~/.zshrc 并添加该行

export LC_ALL=en_US.UTF-8

测试

现在打开一个新的终端窗口并输入 R。如果您使用带有 findInterval( 的自动完成功能，您将看到预期的行为，请参见屏幕截图：

为什么两种安装方式不同？

您可以查看 brew 与 R-4.0.4.pkg 变体的配置。对于 brew，您可以在 /usr/local/Cellar/r/4.0.4_2/lib/R/etc/Makeconf 中找到它，它看起来像这样：

configure  '--prefix=/usr/local/Cellar/r/4.0.4_2' '--enable-memory-profiling' '--without-cairo' '--without-x' '--with-tcl-config=/usr/local/opt/tcl-tk/lib/tclConfig.sh' '--with-tk-config=/usr/local/opt/tcl-tk/lib/tkConfig.sh' '--with-aqua' '--with-blas=-L/usr/local/opt/openblas/lib -lopenblas' '--enable-R-shlib' '--disable-java' 'PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/opt/gmp/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/isl/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/mpfr/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/jpeg/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/libpng/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/openblas/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/pcre2/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/readline/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/openssl@1.1/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/tcl-tk/lib/pkgconfig:/usr/local/opt/xz/lib/pkgconfig' 'PKG_CONFIG_LIBDIR=/usr/lib/pkgconfig:/usr/local/Homebrew/Library/Homebrew/os/mac/pkgconfig/10.15' 'CC=clang' 'CFLAGS=-Wno-implicit-function-declaration' 'LDFLAGS=-L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/readline/lib -L/usr/local/opt/xz/lib' 'CPPFLAGS=-I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/readline/include -I/usr/local/opt/xz/include' 'CXX=clang++' 'OBJC=clang'

对于 Framework R-4.0.4.pkg 变体，您可以在文件 /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf 中找到信息：

configure  'CC=clang -mmacosx-version-min=10.13' 'CXX=clang++ -mmacosx-version-min=10.13' 'OBJC=clang -mmacosx-version-min=10.13' 'FC=gfortran -mmacosx-version-min=10.13' 'F77=gfortran -mmacosx-version-min=10.13' 'CFLAGS=-Wall -g -O2' 'CXXFLAGS=-Wall -g -O2' 'OBJCFLAGS=-Wall -g -O2' 'FCFLAGS=-Wall -g -O2' 'F77FLAGS=-Wall -g -O2' '--enable-memory-profiling' '--x-libraries=/opt/X11/lib' '--x-includes=/opt/X11/include' '--enable-R-framework' '--build=x86_64-apple-darwin17.0' 'build_alias=x86_64-apple-darwin17.0' 'PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig:/usr/local/lib/pkgconfig:/opt/X11/lib/pkgconfig'

注意 brew 变体中 readline 和 gettext 的 CPPFLAGS 和 LDFLAGS。

测试：将 CPPFLAGS/LDFLAGS 添加到 R-4.0.4.pkg 变体

只是为了证实需要这些编译/链接标志的理论，R 是从这里的源代码构建的。

首先，如果系统中不存在某些依赖项，则需要它们。

Xcode
XQuartz-2.8.0.dmg from https://www.xquartz.org

brew install gfortran
brew install xz
brew install cairo
brew install pcre2
brew install libtiff libjpeg

从其中一个镜像下载源代码 R-4.0.4.tar.gz。

修改后的配置命令现在看起来像这样：

./configure  'CC=clang -mmacosx-version-min=10.13' 'CXX=clang++ -mmacosx-version-min=10.13' 'OBJC=clang -mmacosx-version-min=10.13' 'FC=gfortran -mmacosx-version-min=10.13' 'F77=gfortran -mmacosx-version-min=10.13' 'CFLAGS=-Wall -g -O2' 'CXXFLAGS=-Wall -g -O2' 'OBJCFLAGS=-Wall -g -O2' 'FCFLAGS=-Wall -g -O2' 'F77FLAGS=-Wall -g -O2' '--enable-memory-profiling' '--x-libraries=/opt/X11/lib' '--x-includes=/opt/X11/include' '--enable-R-framework' '--build=x86_64-apple-darwin17.0' 'build_alias=x86_64-apple-darwin17.0' 'PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig:/usr/local/lib/pkgconfig:/opt/X11/lib/pkgconfig' 'CPPFLAGS=-I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/readline/include -I/usr/local/opt/xz/include' 'LDFLAGS=-L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/readline/lib -L/usr/local/opt/xz/lib' 'CFLAGS=-Wno-implicit-function-declaration'

之后就可以打电话了

make

确保在执行最后一步之前已创建备份。最后用这个命令

sudo make install

可以创建或覆盖 /Library/Frameworks/R.framework。调用 /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R 现在会显示有关函数参数自动完成的预期行为，并提供预期的功能。

【讨论】：

非常感谢您的回答。还没有测试，因为它是一个非常有影响力的解决方案，而且我有数百个软件包要重新安装。尽管如此，我还是会试一试。
在我尝试这个程序之前，是否可以通过brew 进行本地安装？据我了解，我不想在/usr/local/bin 中创建链接，这样我就可以继续当前的安装，测试它是否有效，并在brew R 上逐步安装所有软件包。
我建议的第一件事是进行备份。您可以使用 brew 安装 R，它会检测到 /usr/local/bin 中存在 R 和 Rscript 而不会覆盖它。然后，您可以调用 /usr/local/Cellar/r/4.0.4_2/bin/R 来运行 brew 安装的版本。或者，如果您只是想尝试一下，您可以使用虚拟化解决方案（例如，Virtualbox、VMware Fusion 或 Parallels）。
我尝试从 brew 安装 R，它实际上可以完成。然而，不幸的是，有几个缺点。 1）从源代码安装新软件包，可能会出现很多问题。 2）依赖外部库的包更难安装，因为找不到路径。 3) 许多capabilities() 未启用（jpeg、png、cairo 等）。底线：如果你有一台新的 Mac，你可以从 brew 安装 R 并尝试调整一切；但是如果你已经安装了macos包，就很难再回去了。
这是您回答中的一个很好的补充。实际上，如果您不执行 sudo make install 从源安装不是侵入性的（这是我在 Linux 上使用的方式），您可以手动创建指向不同 R 版本/安装的符号链接。尽管如此，我猜它仍然存在依赖问题：一些包需要外部库（例如rgdal），这些库可能无法从源安装中“看到”。我也会尝试这条路。谢谢