为什么我的功能可以自己工作，但不能与 sapply 一起工作？答案

【问题标题】：why does my function work on it's own but not with sapply?为什么我的功能可以自己工作，但不能与 sapply 一起工作？
【发布时间】：2021-05-25 19:44:34
【问题描述】：

我正在从事一个 COVID 分析项目。我有每个州的数据框列表“sc”，每个数据框都包含该州的日期和事件案例列：

sc$Alabama
# A tibble: 489 x 3
# Groups:   state [1]
   state   date       incident_cases
   <chr>   <chr>               <dbl>
 1 Alabama 2020-01-22              0
 2 Alabama 2020-01-23              0
 3 Alabama 2020-01-24              0
 4 Alabama 2020-01-25              0
 5 Alabama 2020-01-26              0

我已经定义了一个函数来给我 COVID 的再生数：

get_r<-function(df){
as.incidence(df$incident_cases,df$date) %>% 
estimate_R(method = 'parametric_si', config=make_config(list(mean_si=5.6,std_si=4.2)))
}

这个函数在我的列表'sc'的单个元素上完美运行

get_r(sc$Alabama)

但是，当我使用 sapply 在每个状态下运行该函数时，都会出现以下错误

sapply(sc,get_r)
Default config will estimate R on weekly sliding windows.
    To change this change the t_start and t_end arguments. 
Default config will estimate R on weekly sliding windows.
    To change this change the t_start and t_end arguments. 
 Error: At least one (non-NA) date must be provided

我尝试将日期列重新格式化为日期，但这并没有改变任何内容。非常感谢您对我收到此错误的原因以及如何解决它的任何想法。

【问题讨论】：

你们的一个州没有日期 - NA。试试：sapply(sc, function(i) table(is.na(i[, "date"]))) 看看是否所有州都有非 na 日期。
谢谢你。当我运行这个时，所有状态都返回 FALSE，我相信这意味着没有丢失的日期。我还用 sum(is.na()) 对每个状态进行了检查，结果为 0
那么我的猜测是：某处代码试图将其转换为日期，但失败了，所以你得到了 NA。

标签： r bioinformatics

【解决方案1】：

这不是一个答案，我只是无法将此建议放入评论中。

尝试以下方法：

get_r <- function(df){
tryCatch({
  as.incidence(df$incident_cases,df$date) %>% 
    estimate_R(method = 'parametric_si', 
               config=make_config(list(mean_si=5.6,std_si=4.2)))
}, error = function(e) NA)

}

这样，所有错误都将变成 NA，您希望能够找到哪些状态是问题

results <- lapply(sc, get_r)
vapply(results, identical, FUN.VALUE = logical(1), y = NA) %>%
  which()

如果没有可重现的示例，我们可能无法确定确切的问题是什么，但这至少应该可以帮助您开始调试数据。

【讨论】：