运行闪亮服务器时的特定 R 命令行选项答案

【问题标题】：Specific R command-line options when running shiny-server运行闪亮服务器时的特定 R 命令行选项
【发布时间】：2017-10-16 15:38:51
【问题描述】：

我在 Ubuntu 上运行 shiny-server，我需要设置不同的 R 命令行选项 - 特别是 --max-ppsize。我没有找到如何修改闪亮服务器运行R 的方式。这个怎么修改？

【问题讨论】：

标签： r shiny-server

【解决方案1】：

Shiny Server 配置手册的1.3.5 R Installation Location 概述了实现此功能的关键。主要思想是创建您自己的名为R 的可执行文件，并让它将您想要的命令行参数传递给真正的R 可执行文件。

第 1 步：创建新用户

我命名我的鲍勃。将以下文件添加到 Bob 的主目录。

/home/bob/.bash_profile：

export PATH=/home/bob/myR:$PATH

/home/bob/myR/R：

#!/bin/bash
/usr/bin/R --max-ppsize 123456 "$@"

通过chmod +x /home/bob/myR/R 使第二个文件可执行。

第 2 步：配置 Shiny 以以 Bob 身份运行您的应用

在您的 Shiny 配置文件中，添加以下内容：

location /testApp {
  run_as bob;
  site_dir /srv/shiny-server/testApp;
  log_dir /var/log/shiny-server;
}

在运行testApp 时，Shiny 将首先获取 Bob 的 .bash_profile，这使得 R 指向 Bob 的版本，因为 $PATH 优先。 Bob 的版本只是简单地添加了您想要的--max-ppsize 选项并将它与其他选项"$@" 一起传递给真正的R 可执行文件。您可以通过以下方式自行测试：

$ su bob
$ source /home/bob/.bash_profile
$ which R
/home/bob/myR/R
$ R -q --args Test
> commandArgs()
[1] "/usr/lib/R/bin/exec/R" "--max-ppsize"          "123456"
[4] "-q"                    "--args"                "Test"

第 3 步：创建一个 testApp 以确保一切都按预期运行

这是我的测试 Shiny 应用程序。

/srv/shiny-server/testApp/ui.R

ui <- fluidPage(
  textOutput( "user" ),
  textOutput( "cmdArgs" )
)

/srv/shiny-server/testApp/server.R

server <- function(input, output, session)
{
  output$user <- renderText({
    Sys.info()["user"]
  })

  output$cmdArgs <- renderText({
    paste( commandArgs(), collapse=" " )
  })
}

Firefox 中的结果：

【讨论】：