如何使用带有 Rscript 和命令行参数的命令行中的 knitr？答案

【问题标题】：How to use knitr from command line with Rscript and command line argument?如何使用带有 Rscript 和命令行参数的命令行中的 knitr？
【发布时间】：2014-02-02 16:20:56
【问题描述】：

我有一个 R 代码 my_code.R，它接受一个文件 test.txt 的参数。我可以使用：

   Rscript -e my_code.R test.txt

并运行脚本，但我想使用 knitR 中的stitch() 以 pdf/tex 格式生成脚本报告。

我已经解决了堆栈溢出问题并使用了以下建议，但没有得到任何结果：

   Rscript -e "library(knitr);knit('my_code.R "-args arg1=test.txt" ')"
   Rscript -e "knitr::stitch('my_code.R "-args arg1=test.txt"')"

这是关于我想要什么的另一个类似讨论 (link)，但可以选择添加参数。

【问题讨论】：

标签： r knitr

【解决方案1】：

我不明白为什么这是不可能的。这里是my_code.R：

commandArgs(TRUE)

我只是运行

Rscript -e "library(knitr); stitch('my_code.R')" --args foo bar whatever=blabla

我得到了输出

看来您在最初的尝试中没有正确使用双引号。应该是

Rscript -e "library(knitr); stitch('my_code.R')" --args arg1=test.txt

【讨论】：

请注意，stitch 用于.R，knit 用于.Rnw。这个答案没有错，但我错过了那个微妙之处并陷入了一段时间。

【解决方案2】：

您可以使用knit2pdf 并使用其envir 参数将参数传递给报告。

换句话说，解决方案是创建 2 个单独的文件：

你调用knit2pdf的R脚本像这样：m_code.R
降价报告文件（.Rnw,.Rmd）：m_code_report.Rnw

m_code.R

这个脚本包含你所有的 R 代码。这个想法是创建一个环境变量 "params" ，您可以在其中放置所有需要显示/呈现的参数。

library(knitr)
library(markdown)
ff <- commandArgs(TRUE)[1]
params <- new.env()
e$ff <- ff
## here I pass all the parameters to the report
## I assume that the report and the code R in the same location
## the result pdf also will be in the same location , otherwise you can set 
## paths as you like  
knit2pdf('m_code_report.Rnw',envir=params)  report

m_code_report.Rnw

报告显示使用环境“params”中包含的变量。

\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
summary(ff)
@
\end{document}

然后您使用 Rscript 调用 Rscript，例如：

Rscript m_code.R "cars"

【讨论】：

我不确定我是否理解正确，但这是否意味着需要创建一个单独的 .Rnw 文件，以及两个文件如何连接？
@mshakya 我编辑我的答案以添加更多解释。希望现在很清楚。
哦，这太好了，我想我可以使用它来工作，但是是否可以不必使用 .Rnw 文件，并且可以像使用stitch() 那样运行脚本功能。谢谢
我认为这是我想要的，但可以选择接受参数。 groups.google.com/forum/#!searchin/knitr/…
我不知道这个函数，但我认为你可以像我在这个答案中所做的那样使用它的 env 参数。