R：无法在 OSX El Capitan 上安装 R 3.3.1 的 Rcpp 包答案

【问题标题】：R: Unable to install Rcpp package for R 3.3.1 on OSX El CapitanR：无法在 OSX El Capitan 上安装 R 3.3.1 的 Rcpp 包
【发布时间】：2016-07-06 19:05:37
【问题描述】：

我正在尝试在 Mac OS X El Capitan 上安装 Rcpp 包，并在 R 控制台中安装 R 的自制软件

> install.packages("Rcpp")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-        project.org/src/contrib/Rcpp_0.12.5.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2397088 bytes (2.3 MB)
==================================================
downloaded 2.3 MB

* installing *source* package ‘Rcpp’ ...
** package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang++ -I/usr/local/Cellar/r/3.3.1/R.framework/Resources/include -    DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/opt/ -    I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/../include -    I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/../i nclude/darwin -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/readline/include -I/usr/local/opt/openssl/include -I/usr/local/include    -fPIC  -g -O2  -c Date.cpp -o Date.o
Date.cpp:31:10: fatal error: 'Rcpp.h' file not found
#include <Rcpp.h>
     ^
1 error generated.
make: *** [Date.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘Rcpp’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/Rcpp’

The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/g8/rqv40nhs3zqcntnz_9t9l60w0000gr/T/Rtmpq2VPG3/    downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("Rcpp") :
  installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit status

尝试通过以下方式搜索Rcpp.h：

$locate Rcpp.h
/usr/local/lib/R/3.2/site-library/Rcpp/include/Rcpp.h

我可以符号链接到R/3.2 目录，但这似乎有风险？

试过了：

brew update; brew install Rcpp

收到：

错误：没有名称为“rcpp”的可用公式 ==> 正在搜索类似名称的公式... 错误：未找到类似名称的公式。 ==> 正在搜索水龙头...错误：在水龙头中找不到公式。

会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-apple-darwin15.5.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.5 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.1

【问题讨论】：

首先，自制 != 标准 R 编译。并且绝对不要符号链接到 R3.2。您以前是通过自制软件使用 R 还是这是第一次？我想知道公式是否设置了正确的标志。
是的，我也通过自制软件安装了 R 3.2。然后不要回忆任何 Rcpp 安装问题。

标签： r macos rcpp osx-elcapitan

【解决方案1】：

首先，通过以下方式卸载任何以前的依赖项：

brew uninstall r

接下来，尝试在以下brew语句下安装R：

# Grab xquartz
brew install cask
brew cask install xquartz

# Install R w/ GCC (compiled under)
brew tap homebrew/science
brew install gcc
brew install r

那就试试吧：

install.packages("Rcpp")

【讨论】：

现在试试你的建议。我之前根据 brew upgrade r 日志运行了这些命令： brew install clang-omp ; brew reinstall gcc --without-multilib;我应该再次尝试重新安装 gcc 吗？需要很长时间...
尝试了您建议的过程，除了 brew install gcc （我之前的评论）并且必须执行 brew uninstall --force r。同样的结果 - 找不到 Rcpp.h
我就是按照上面的流程搭建的。你有任何定制吗？
我不知道。为什么找不到 Rcpp.h。不是在 Rcpp_0.12.5.tar.gz 里面吗？我正在尝试 tar -x 那个文件，看看我是否可以在私人下载的文件夹中编译它，但即使 tar -x 也会挂起。这是否提供了有关正在发生的事情的任何线索？感谢您的所有帮助

【解决方案2】：

从 CRAN 下载 tar 文件到一个单独的目录（例如 /tmp）。 tar -x Rcpp.tar.gz。在我的 R Makevars 文件中将 -I/tmp/Rcpp/inst/include 添加到 PKG_CPPFLAGS 中。在 R 控制台中安装.packages("Rcpp")。仍然不知道为什么“正常”/“标准”流程不起作用

【讨论】：

【解决方案3】：

关闭任何防病毒软件（如 McAfee），然后您应该能够毫无问题地安装软件包。它解决了我的问题。

【讨论】：