如何在 Linux（Red Hat/CentOS）上更新到特定的 R 版本，保持以前的版本？

Question

也许更准确的标题是：“如何在 Linux (Red Hat/CentOS) 上从就地 (EPEL) R 切换到并行（特定于版本）R 安装？

一个（可能是典型的）在 Linux 上升级 R 的故事...

历史：

在过去的某个时候，我使用当时yum 包管理器下拉的默认版本更新了我们的 RHEL/CentOS 7 服务器上的 R 版本。例如，sudo yum install R 在 2019 年初的某个时间点升级到版本 3.5.2。默认情况下，这会为所有用户在/usr/lib64/R 安装 R，并完全替换之前安装在那里的 3.4.x 版本。 Shiny Server 已经安装，配置为以用户 shiny 运行，它顺利地使用了新版本的 R。

情况：

一年后，现在是时候硬着头皮更新在 Linux 服务器上运行的 R 版本了。运行yum check-upgrade R 发现可用的版本是3.6.0。我实际上想安装 3.6.3 并且我不想破坏我在 3.5.2 上运行的所有应用程序，所以我需要使用不同的方法。按照https://docs.rstudio.com/resources/install-r/ 的说明，我下载了 3.6.3 .rpm 文件并安装它。默认情况下，这会将 R 安装在 /opt/R/3.6.3/，而 3.5.2 版本保持不变。但是，一旦我完成 Create a symlink to R 步骤，我的闪亮应用程序都无法运行：

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript  

这应该不足为奇。我闪亮的应用程序都依赖于尚未为这个新版本的 R 安装的几个 R 包。我可以通过删除这些符号链接快速让我的应用程序在以前的版本 (3.5.2) 上再次运行，直到我安装了新版本中的必要包：

sudo rm /usr/local/bin/R  
sudo rm /usr/local/bin/Rscript 

我闪亮的应用程序日志文件（/var/log/shiny-server/<app name>-<user>-<datetime>.log）中的错误消息确认应用程序由于缺少软件包而无法启动。要更新共享库文件夹中的 R 包，我需要以 sudo:sudo -i /opt/R/3.6.3/bin/R 运行新版本的 R 并安装必要的包，例如 R 中的 install.packages(c("shiny","devtools","rmarkdown","shinydashboard","tidyverse"))。

现在已经安装了 R 包，我可以重新创建符号链接：

sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /usr/local/bin/R  
sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/Rscript /usr/local/bin/Rscript  

我确认我的应用正在使用新版本的 R。

现在我有一些问题：

问题 1： 完成这些步骤后，R --version 仍然返回旧版本（3.5.2）。但是当我第二天重新登录时，它会打开 3.6.3。为什么？我是否需要运行终端命令来让R --version 立即返回新版本，还是打开一个新的终端窗口是实现此目的的唯一方法？

问题 2： 运行 sudo R --version 总是返回旧版本 (3.5.2)。运行 sudo which R 返回 /bin/R。运行more /bin/R 显示的内容表明它是“R 可执行文件的外壳包装器”。并具有硬编码的“/usr/lib64/R”路径。我认为此时我不需要这个包装器。让这些 sudo 命令指向新版本的推荐方法是什么？

我可以在我的主目录（例如cp /bin/R ~/binR.backup）中制作这个文件的备份副本以防万一，然后：

• 删除/bin/R？
• 将 /bin/R 替换为指向新版本的符号链接（例如，sudo ln -s /opt/R/3.6.3/bin/R /bin/R）？
• 使用 .rpm 将“旧”版本重新安装到 /opt/R/3.5.2/，就像我安装 3.6.3 一样，在那里安装软件包，然后删除 /usr/lib64/R 版本（例如，sudo yum remove R）？李>

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我看过但没有回答我的问题的类似问题的链接：

1. How to upgrade R in Linux
2. Change path in Linux
3. How can I load a specific version of R in Linux

Answer 1

问题 1：我不知道为什么，但是在您的 PATH 上有多个版本的 R 可能会导致这样的意外情况。 /usr/local/bin 通常在 PATH 中位于 /usr/bin 之前，所以我预计会找到 R 3.6.3。可能跟问题2有关。

问题 2： 某些发行版（如 CentOS/RHEL）在使用 sudo 时默认不会将 /usr/local/bin 放在 PATH 上。有关详细信息，请参阅https://unix.stackexchange.com/questions/8646/why-are-path-variables-different-when-running-via-sudo-and-su。那里的答案描述了在使用 sudo 时将 /usr/local/bin 添加到 PATH 的几种方法——例如，修改 /etc/sudoers 中的 secure_path 以包含 /usr/local/bin 之类的：

Defaults    secure_path = /usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin

由于 R 3.6.3 在 PATH 中的默认系统 R 之前，您不必删除 /bin/R 或 /usr/bin/R。但最终，我建议使用https://docs.rstudio.com/resources/install-r/ 以相同的方式安装多个并行版本的 R，这样更易​​于管理。下次安装新的 R 版本时，只需替换 /usr/local/bin 中的符号链接即可。默认系统 R（来自 EPEL）是系统上唯一的 R，具有就地升级。

如果您想将默认的 R 3.5.2 替换为并排的 R 3.5.2（或 3.5.3），您可以从 https://docs.rstudio.com/resources/install-r/ 安装 R 3.5，安装所有必要的软件包，并拥有 Shiny服务器使用新的 R 3.5。然后从 EPEL（R-core 或 R-core-devel）卸载 R 以完全切换。从那里，您甚至可以在 /usr/bin 而不是 /usr/local/bin 中创建指向 R 的符号链接，而不必担心将 /usr/local/bin 添加到 sudo PATH。