【问题标题】:Linking to other packages in documentation in roxygen2 in R链接到 R 中 roxygen2 文档中的其他包
【发布时间】:2014-10-18 18:55:22
【问题描述】:

我想知道当我尝试使用roxygen2 为新包编写文档时,是否存在link 可以从其他包中运行的方法。 \link{pck=PACKAGE_NAME, fun=FUNCTION_NAME} 之类的东西?

【问题讨论】:

  • 尝试\code{\link[MASS]{stats}},从here(向下滚动)。
  • 谢谢。 Mb,您知道我在哪里可以找到 roxygen2 文档参数的完整列表,例如 @param@family 的代表什么?有很多我无法在任何地方找到有关它们的信息。 For example:

标签: r documentation roxygen2


【解决方案1】:

您必须输入 \link[pkg]{function} 例如\link[stringi]{stri_c}

【讨论】:

  • 如此简短的回答,但如此有价值:)
  • 请注意hadley's book 中的“替代文档工作流程”一章。为了查看链接,您必须重新构建包,而不仅仅是重新记录。
【解决方案2】:

Roxygen2 现在还支持用 Markdown 编写的文档。

链接的降价语法是[foo::bar()],它被翻译成 \code{\link[foo:bar]{foo::bar()}} 在生成的 .Rd 文件中。 (见Roxygen2 vignette。)

请注意,您可能需要通过在您的 DESCRIPTION 文件中写入 Roxygen: list(markdown = TRUE) 来专门打开 Markdown 支持,或者如果您只想为特定的手册页启用 Markdown,请添加 #' @md 注释。这也在链接的小插图的最顶部进行了解释。 (感谢@Tjebo 的评论)

注意,markdown 版本有两个冒号,而 Rd 版本只有一个冒号。

【讨论】:

  • 哇,太棒了!!谢谢
【解决方案3】:

使用.Rd 语法("R packages" book):

  • \code{\link{function}} - 此包中的函数。
  • \code{\link[MASS]{abbey}} - 另一个包中的函数。
  • \link[=dest]{name} - 链接到目标,但显示名称。
  • \code{\link[MASS:abbey]{name}} - 链接到另一个包中的函数,但显示名称。
  • \linkS4class{abc} - 链接到 S4 课程。

使用降价(roxygen2 vignette

roxygen2 comment description generated Rd code
[func()] func() in this package \code{\link[=func]{func()}}
[pkg::func()] func() in the pkg \code{\link[pkg:func]{pkg::func()}}
[thing] topic in this package \link{thing}
[pkg::thing] topic in the pkg \link[pkg:thing]{pkg::thing}
[`thing`] topic in this package \code{\link{thing}}
[`pkg::thing`] topic in the pkg \code{\link[pkg:thing]{pkg::thing}}

记得将 Roxygen: list(markdown = TRUE) 放在说明中
可从 roxygen2>=6.0.0

获得的 Markdown 短代码

【讨论】:

【解决方案4】:

除了potockan的回答:
一些软件包在一个帮助页面中记录了多个功能。例如,Bioconductor 包GenomicRanges 中的trim 函数记录在intra-range-methods 中(这也是来自其他包的帮助页面的名称,例如IRanges)。

要使用roxygen2 链接到正确的页面,您可以使用:

\link[GenomicRanges:intra-range-methods]{trim} 

\code{\link[GenomicRanges:intra-range-methods]{trim}}  

正确格式化文本。

帮助页面只会显示trim,但会链接到正确的帮助页面。

【讨论】:

  • 当我想链接到 dplyr dplyr_tidy_seelct 页面时,这很有帮助。 \code{\link[dplyr::dplyr_tidy_select]{tidy-select} 导致警告和链接断开,但 \code{\link[dplyr:dplyr_tidy_select]{tidy-select} 有效。
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