如何更改多个文件的第一行，包括文件名？答案

【问题标题】：How can I change the first line of multiple files including the name of the file?如何更改多个文件的第一行，包括文件名？
【发布时间】：2021-05-10 21:04:44
【问题描述】：

我的文件夹中有很多文件，名为：

ctg_1.fasta
lcd2_13.fasta 
..
etc (all of them are .fasta)

我想将它们的第一行更改为包括以下内容：>ctg_1、>lcd2_13。我的意思是，每个文件都有自己的名称作为第一行。

我认为命令sed 会帮助我。我试图执行这个：

var=">ctg_1"
sed -i "1s/.*/$var/" ctg_1.fasta

它可以工作，但我想递归地做，每个文件都包含自己的名字。

您知道我该如何实现这一目标吗？

【问题讨论】：

this solution 适合你吗？

标签： linux bash sed

【解决方案1】：

使用find 递归获取所有文件。从带有文件名的变量中提取不带.fasta后缀的文件名，并在sed命令中使用。

find . -type f -name '*.fasta' | while read -r f; do
    base=$(basename "$f" .fasta)
    sed -i "1s/.*/>$base/" "$f"
done

【讨论】：

【解决方案2】：

这可能对你有用（GNU sed 和并行）：

parallel sed -i '1s/.*/>{}/' {} ::: *.fasta

-i 选项导致修改后的文件就地完成，每个文件都有自己的行号，因此1s/.*/>{}/' replaces the first line of each file by a >and the{}` 是并行命令获得的文件名。

【讨论】：

【解决方案3】：

你可以使用 GNU awk:

awk -i inplace 'FNR==1{a=FILENAME;sub(/\.[^.]+$/, "", a);print a}1' *.fasta

详情：

-i inplace - 就地替换
FNR==1 - 如果当前行是第一行
{a=FILENAME;sub(/\.[^.]+$/, "", a);print a} - 将文件名分配给a，删除最后一个点和其后的所有文本，然后打印结果
1 - 默认打印操作。

【讨论】：