我的 awk 脚本没有使用所有输入行

Question

仅供参考：$NEWFILE 是 newfile.vcf

awk 'BEGIN {FS="[\t]+"}; NR <= 2 || $6 >= 100 {print $0 > "newfile.vcf"}'
$NEWFILE

这是我的 awk 代码。我有一个数据列表，第 6 列必须大于等于 100。我也想忽略前 2 行。
数据由制表符分隔，但以新行结束。我的代码只处理一行数据，恰好有第 6 列大于 100。（但是，它确实忽略了前 2 行），然后停止。其余的行没有出现在 newfile.vcf 我猜是因为新行。无论如何我该如何解决这个问题？

输入：

                                                     NAME1    NAME2    NAME3
#CHROM   POS    ID    ALT    REF   QUAL   FILTER    953_102   953_103    953_104
Chr1    1058     .     TAA    TAAA    999   StandBias
Chr1    1071     .     TAA    TAAA    118   StandBias
Chr1    1084     .     TAA    TAAA    27.5  StandBias
Chr1    1089     .     TAA    TAAA    999   StandBias

期望的输出：

                                                     NAME1    NAME2    NAME3
#CHROM   POS    ID    ALT    REF   QUAL   FILTER    953_102   953_103    953_104
Chr1    1058     .     TAA    TAAA    999   StandBias
Chr1    1071     .     TAA    TAAA    118   StandBias
Chr1    1089     .     TAA    TAAA    999   StandBias

当前输出：

                                                     NAME1    NAME2    NAME3
#CHROM   POS    ID    ALT    REF   QUAL   FILTER    953_102   953_103    953_104
Chr1    1058     .     TAA    TAAA    999   StandBias

程序（尽管 awk 之前的内容与问题无关。awk 之前的所有内容都按预期工作。）

#! /bin/bash
#removing the extra stuff at the top of datafile.
NEWFILE=newfile.vcf
LINESINLEGEND=`wc legend.txt | awk {'print $1'}`
LINESINLEGEND=$((LINESINLEGEND-1))
NEWLEGEND=`tail -n$LINESINLEGEND $2`

if [ $# -eq 0 ]
then
    echo "usage: filename.vcf <optional>legend.txt"
fi

if [ $# -eq 2 ]
then
    printf "$NEWLEGEND" > temp
    CUTME=`cut -f 5 temp | cut -d " " -f 4 temp | tr -s '\n' '\t'`
    rm temp
    printf "" > $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "\t" >> $NEWFILE
    printf "$CUTME\n" >> $NEWFILE

    grep -v "^\#\#" $1 >> $NEWFILE
    awk 'NR==1 || $6 >= 100' newfile.vcf > newfile.vcf
    #suggested code makes nothing appear in newfile.vcf
fi

Answer 1

这个命令应该可以做到：

awk 'NR==1 || $6 >= 100' input.file > newfile.vcf

NR==1 匹配输入的第一行。 $6 >= 100 匹配那些QUAL 大于或等于100 的行。 awk 中的默认操作是将输入的整个过程打印到输出。这就是为什么你可以省略{print $0}。

您无需将TAB 指定为分隔符，因为它是默认分隔符之一。

Answer 2

我认为这应该可以解决问题：

 awk -F"\t" '{if ( $6 > 100 || NR<=2) print $0}' input.vcf > newfile.vcf

当然，使用 awk 有很多方法可以给猫剥皮。除了将 $6 令牌写为 6$ 之外，您的脚本确实应该可以工作。如果我刚刚编写的这个脚本做同样的事情，那么可能不是您输入文件中的所有行都是制表符分隔的。