第 1 到第 n 列的 awk 简单制表符分隔答案

【问题标题】：awk simple tab separation for 1 to nth column第 1 到第 n 列的 awk 简单制表符分隔
【发布时间】：2017-08-09 23:31:05
【问题描述】：

我有一个制表符分隔的文件，我想打印它的前几列。

我希望我的做法尽可能简单和可重复：

awk -F" " '{print $1,"\t" ,$2, "\t", $3}' old.bed > new.bed

但是当我尝试对新文件进行进一步分析时，我收到一条错误消息，指出该文件的格式不正确...

我检查文件的内容：

cat -A new.bed | more

chr1     3000870     3000918$
chr1     3000870     3000918$
chr1     3000872     3000920$
chr1     3000872     3000920$
chr1     3000872     3000920$

看起来很正常……

出了什么问题，我该如何避免？

【问题讨论】：

标签： awk cat

【解决方案1】：

$ 不在文件中。将它们添加到显示中的是cat 的-A 标志。相关部分来自man cat：

   -A, --show-all
          equivalent to -vET

   -E, --show-ends
          display $ at end of each line

只需删除-A 标志，$ 将不再显示。

此外，我不确定 awk 命令是否 100% 符合您的预期。输出实际上不是col1 tab col2 tab col3，但是col1 space tab space col2 space tab space col3。这是因为print 命令中的每个, 都被替换为字段分隔符，除此之外，您还添加了制表符。这是使列选项卡分开的简单方法：

awk -v OFS='\t' '{print $1, $2, $3}'

【讨论】：

【解决方案2】：

由于您的输入是制表符分隔的，您可以使用cut 作为一种简单且可重复的方法：

cut -f 1-3 old.bed

至于您的$ 问题，janos 已在his answer 中全面介绍。

【讨论】：