由非 root 用户安装 python 包/工具

Question

(1) 我必须安装一个 python 包 (HTSeq) 但我没有 root 权限。

该软件包需要 python 2.4 或最新版本。我们的集群上有 python 2.3。

因此我在我的一个本地目录上安装了 python 2.7 使用

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install

(2) 该软件包还需要 numpy ：所以我还使用以下方法将它安装在我的本地目录中：

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy 

完成

>>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/")

(3) 我下载了 HTSeq 的 tar 文件（我想下载）并运行

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq

它抛出以下错误：

Could not import 'setuptools',
falling back to 'distutils'.
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'.
Please install numpy and then try again to install HTSeq.

请给我一些关于如何克服它的提示

提前致谢

Answer 1

Setuptools 是安装该软件包所需的另一个要求。

一种选择是使用 virtualenv 创建一个包含的 python 环境。这可以在任何地方制作，并且归创建它的用户所有。

在没有管理员权限的情况下安装 virtualenv（来自this answer）：

下载最新版virtualenv的tar.gz。 打开包装。 你甚至不需要安装它，只需运行 virtualenv.py，例如：

wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz
tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env

env/bin/pip install HTSeq
env/bin/pip install numpy

现在在虚拟环境中使用 python 二进制文件运行您的脚本：

env/bin/python myscript.py

Answer 2

1) 您必须安装setuptools（必须运行您的 HTSeq 的 setup.py）。

下载源代码tar.gz setuptools-0.6c11.tar.gz，解压，然后像安装python2.7一样执行步骤，但在解压setuptools源代码的文件夹中：

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install

2) 当您安装 setuptools 时，easy_install 可执行文件将出现在 python2.7/scripts/ 文件夹中。您可以使用它轻松安装软件包：

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7/scripts/easy_install HTSeq

它会自动找到包并为你下载并安装它以及所有依赖项。