RMarkdown 从 bash 块访问参数

Question

我创建了一个带有参数的 RMarkdown 文件file.Rmd。

我知道如何访问 r chunk 中的参数，但不知道如何从 bash chunk 访问参数

如果绝对没有办法，我会通过r chunk将参数写入一个文件，然后从bash chunk读取...

---
output: html_document
params:
  myParam1:
    label: "Choose 1st parameter"
    value: 20
    input: slider
    min: 0
    max: 100
  myParam2:
    label: "Choose 2nd parameter"
    value: "Hello"
    input: text
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r, echo=FALSE}
print(paste("1st parameter :",params$myParam1))
print(paste("2nd parameter :",params$myParam2))
```

```{bash}
# Don't know how to get parameters here
echo $params
```

谢谢

Answer 1

我已经看到了一些选项

1. 使用Sys.setenv 从R to bash 导出变量，所以将此行添加到R 块中。

   Sys.setenv(params = params$myParam1)

2. 使用runr package

Answer 2

要将the accepted answer 中的导出到环境的想法应用于所有 参数，只需将以下do.call 循环添加到bash 块之前的R 块：

```{r, echo=FALSE, message=FALSE}
for (key in names(params)) {
  do.call('Sys.setenv', params[key])
}
```

Answer 3

感谢 Chris S，这很好用。 我分享我使用的解决方法（创建 tmp 文件）以防有人感兴趣：

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output: html_document
params:
  myParam1:
    label: "Choose 1st parameter"
    value: 20
    input: slider
    min: 0
    max: 100
  myParam2:
    label: "Choose 2nd parameter"
    value: "Hello"
    input: text
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

克里斯解决方案：

```{r, echo=FALSE}
Sys.setenv(param1=params$myParam1)
Sys.setenv(param2=params$myParam2)
```
```{bash, echo=FALSE}
echo $param1
echo $param2
```

我的解决方法：

```{r}
param1 <- paste0("param1=\"",params$myParam1,"\"")
param2 <- paste0("param2=\"",params$myParam2,"\"")

# Write parameters in temporary file
fileConn <- file("~/params.tmp")
writeLines(c(param1,param2), fileConn)
close(fileConn)
```

```{bash, echo=FALSE}
. ~/params.tmp
rm ~/params.tmp
echo $param1
echo $param2
```