'lib = "/usr/lib/R/library"' 在安装 R Bioconductor 包时不可写答案

【问题标题】：'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable" while installing R Bioconductor package'lib = "/usr/lib/R/library"' 在安装 R Bioconductor 包时不可写
【发布时间】：2020-10-14 04:44:00
【问题描述】：

大家！我正在尝试安装 Bioconductor 包“cummeRbund”并不断失败。我试过了 biocLite("cummeRbund") 启用 BiocInstaller 的命令，install.packages("cummeRbund") 及其具有指定库地址的变体。结果总是

"Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable"

并且 r 一直让我使用个人目录。我应该怎么做才能摆脱这个讨厌的问题（“cummeRbund”不是唯一一个一直无法安装的软件包）？

我的规格：Ubuntu 14.04 LTS 64 位，R 版本 3.2.2 (2015-08-14) --“消防安全”，Bioconductor 版本 3.2 (BiocInstaller 1.20.0)

【问题讨论】：

这意味着您没有权限在系统范围内安装它（您需要sudo 权限）。如果您是唯一的用户，那么个人目录并没有什么问题。
是的，我明白这意味着我必须拥有 root 权限，是的，我是一个单独的用户。但我不能调用这些库，如果它安装在个人目录中。 R 找不到。
How should I deal with “package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)” warning?
@zx8754 首先仔细检查没有错别字。 Bioconductor 不会告诉您包 xXx 不存在，它会告诉您它不适用于您的版本。复制/粘贴名称以避免出现问题。其他一些问题也可能出现，但这是最常见的
@3nrique0 我不是问这个问题，只是分享一个关于包问题的常见问题解答帖子的链接。

标签： r bioconductor

【解决方案1】：

R 的默认库路径对于当前用户是不可写的，这种情况并不少见。这通常意味着 R 是由其他用户安装的。这本身不是问题。只需将 R 配置为使用不同的库路径。

为此，请设置R_LIBS_USER 环境变量。要在 shell 会话中保留它，请将值设置为 ~/.profile 或类似的值。

export R_LIBS_USER=/path/to/your/r-library

有一个detailed description of this solution in another answer。

另一种解决方案是分别为每个用户安装软件。这在非共享系统上尤其有意义。大多数包管理器支持为本地用户安装软件，没有超级用户权限。特别是Homebrew 默认会这样做，强烈建议不要使用sudo 安装软件。

【讨论】：

非常感谢！非常感谢您的建议。

【解决方案2】：

我在另一个操作系统上安装了 R 版本 3.3.0：没有“cummeRbund”安装问题。

使用$ svn co https://svn.r-project.org/R/trunk/ 获得“3.3.0”（svn 版本 69583）。

r cummerbund

【讨论】：

【解决方案3】：

»» R 一直让我使用个人目录。我应该怎么做才能摆脱这个讨厌的问题 ««

简单：当您想要安装 R 包时，打开终端窗口并使用命令 $ sudo R（而不是 $ R）。

R，版本 3.2.2：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

> biocLite(c("cummeRbund"))

参考。 https://www.bioconductor.org/install/

在这里获取包裹没有问题。（不确定是否可以安装：依赖问题。）

（我使用的是 Ubuntu 15.10 - 64。更简单：默认的 R 版本是 3.2.2）。

r cummerbund

【讨论】：

抱歉，这是一个非常糟糕的解决方案，因此投了反对票。不要使用超级用户权限来安装软件/包。这是一个糟糕的设置，会导致周围出现问题。相反，正确配置 R 以在普通用户的权限范围内工作。