在R中并排显示相同pdf中的两个热图答案

【问题标题】：to display two heatmaps in same pdf side by side in R在R中并排显示相同pdf中的两个热图
【发布时间】：2013-02-27 14:18:34
【问题描述】：

我正在尝试在同一个 png 或 pdf 中并排显示两个或多个热图。布局或 mfcol 在这种情况下不起作用。有人可以帮我解决这个问题吗？

【问题讨论】：

par(mfrow=c(2,1)) x

标签： r pdf png heatmap

【解决方案1】：

这是使用最近引入的 gridGraphics 包的一个选项，

library(gridGraphics)
library(grid)
heatmap(as.matrix(mtcars))

library(gridGraphics)
grab_grob <- function(){
  grid.echo()
  grid.grab()
}

g <- grab_grob()
grid.newpage()

# library(gridExtra)
# grid.arrange(g,g, ncol=2, clip=TRUE)

lay <- grid.layout(nrow = 1, ncol=2)
pushViewport(viewport(layout = lay))
grid.draw(editGrob(g, vp=viewport(layout.pos.row = 1, 
                                  layout.pos.col = 1, clip=TRUE)))
grid.draw(editGrob(g, vp=viewport(layout.pos.row = 1, 
                                  layout.pos.col = 2, clip=TRUE)))
upViewport(1)

【讨论】：

只是一个更新：这个函数也适用于heatmap.2。改编自上面的代码，我简单的加载了library(gplots)，把heatmap(as.matrix(mtcars))改成了heatmap.2(as.matrix(mtcars))。
很好的解决方案，谢谢！但是为什么渲染每个热图需要这么长时间呢？？

【解决方案2】：

如 heatmap.2 的帮助文档中所述，

'heatmap.2()' 使用'layout'并在下部绘制'image' 2x2 布局的右上角。因此，它可以不是用于多列/行布局，即当 'par(mfrow= *)' 或 '(mfcol= *)' 已被调用。

热图也是如此。

【讨论】：

【解决方案3】：

这是一种方法。这很 hacky，但我认为当一个函数没有做你想做的事情时，最好的解决方案就是让它去做。
函数heatmap.2在其代码中间包含以下三行：

...
op <- par(no.readonly = TRUE)
on.exit(par(op))
layout(lmat, widths = lwid, heights = lhei, respect = FALSE)
...

因为它们，您不能使用layout 和par(mar=...)，因为它会覆盖它。将 heatmap.2 的代码复制到一个新函数中（比如heatmap.3）并删除这三行：

heatmap.3 <- function(... #etc etc with the exact same code minus those 3 lines

然后你的代码并排生成两个热图将是，例如：

layout(rbind(c(4,3,8,7),c(2,1,6,5)), 
       widths = c(1,2,1,2), heights = c(1,2), respect = FALSE)
heatmap.3(x)
heatmap.3(y)

在准备布局时，请记住热图代码首先绘制热图本身，然后是“行”树状图，然后是“列”树状图，最后是直方图，因此从上到下，从左到右的顺序是 4， 3, 2, 1 表示当两个热图并排时，它变为 4, 3, 8, 7, 2, 1, 6, 5。

【讨论】：

【解决方案4】：

在遇到完全相同的问题后，我想出了以下解决方案：

1) 使用 ggplot2 制作带有树状图的热图，如下所示：Reproducing lattice dendrogram graph with ggplot2，然后使用 multiplot() 函数进行排列 (http://www.cookbook-r.com/Graphs/Multiple_graphs_on_one_page_%28ggplot2%29/)

2) 但是，这需要做很多工作，我想坚持使用基本的 heatmap() 函数。如果您安装了 imagemagick，以下内容很简单（虽然不是普通的 R）并且可以在 Linux 上运行：

m <- matrix(runif(10^2), ncol=10)
for (i1 in 1:4) {
    ifile <- paste0(i1,'_heatmap.pdf')
    pdf(ifile)
    heatmap(m)
    d <- dev.off()
}
system('montage -geometry 100% -tile 2x2 ./*_heatmap.pdf outfile.pdf')

【讨论】：