R-使用sqldf加入数据框时列太多

Question

我正在尝试将两个数据框合并为一个。第一个df是acutedm11，有4682列，第二个是gwlfullflattened22，有4903列。我不能在这里发布数据，因为它太大并且包含敏感信息。我正在尝试根据 mrn=mrn_G 和日期差异 合并这两个 dfs

代码：

library(sqldf)
acutedm3 <- sqldf::sqldf("
    select acutedm11.*, gwlfullflattened22.*
    from acutedm11
       left join gwlfullflattened22 on acutedm11.mrn = gwlfullflattened22.mrn_G
        and gwlfullflattened22.EncounterDate_G between acutedm11.Date_m30 and acutedm11.Date_p30") %>%
  select(-Date_m30, -Date_p30)

错误：Error: too many columns on acutedm11

有没有更好的方法来合并/加入数据框？

Answer 1

1. 最大列数是 SQLite 中的编译时参数（包含在 RSQLite 包中）。您可以将限制重新设置得更高并重建该包。欲了解更多信息，请参阅：Maximum number of columns in a table for sqlite

2. sqldf 还支持 4 种不同的后端：SQLite、H2、MySQL 和 PostgreSQL。尝试其他一种。

例如，使用 H2 这不会给我任何错误。

library(RH2)
library(sqldf)

nr1 <- 100
nc1 <- 4682 
df1 <- as.data.frame(matrix(seq_len(nr1*nc1), nr1))

nr2 <- 100
nc2 <- 4903
df2 <- as.data.frame(matrix(seq_len(nr2*nc2), nr2))

res <- sqldf("select * from df1 a
       left join df2 b on a.V1 = b.V1
        and a.V2 between b.V3 and b.V4")