【发布时间】:2014-05-25 02:06:40
【问题描述】:
我对 Ubuntu 和 R 很陌生,几天前我刚刚安装了它们。安装R和Rstudio成功后,想安装R包swirl,命令:
install.packages("swirl")
我在安装时遇到了这个问题:
Aborted (core dumped)
Warning in install.packages :
installation of package ‘digest’ had non-zero exit status
*** buffer overflow detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated
======= Backtrace: =========
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x741cf)[0x7f128b51e1cf]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__fortify_fail+0x5c)[0x7f128b5b5b2c]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x10a9f0)[0x7f128b5b49f0]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x10cd6a)[0x7f128b5b6d6a]
/usr/lib/R/lib/libR.so(+0x926c4)[0x7f128bb206c4]
/usr/lib/R/lib/libR.so(+0x9446b)[0x7f128bb2246b]
/usr/lib/R/lib/libR.so(+0xdcddb)[0x7f128bb6addb]
/usr/lib/R/lib/libR.so(Rf_eval+0xf8)[0x7f128bb72d98]
/usr/lib/R/lib/libR.so(Rf_applyClosure+0x346)[0x7f128bb74056]
..........................................
还有数千行代码。
Rcurl、testthat 和 httr 也不断发生这种情况。
在发生这种情况时,Rstudio 似乎过载并变成灰色。
这一切都以这段代码行结束:
Aborted (core dumped)
Warning in install.packages :
installation of package ‘swirl’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpTdWj6H/downloaded_packages’
我认为这可能与我的计算机内存有关。 这些是规格: 宏碁 Aspire V5-572G-6679 内存:5.7GiB 处理器:Intel® Core™ i5-3337U CPU @ 1.80GHz × 4 磁盘:500 GB
不用说,当我从库中调用 swirl 时,它不起作用。
library(swirl)
Error in library(swirl) : there is no package called ‘swirl’
我已尝试手动安装软件包,但同样的问题仍然存在;中止(核心转储)
知道如何解决这个问题吗?
【问题讨论】:
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我可以在 ubuntu 下的 6GB 戴尔上安装 swirl 没有问题,所以我怀疑这是内存问题。编译
digest之前还是之后崩溃? -
它不会崩溃。它只是在安装过程中冻结。它可能是在摘要期间,但它也发生在 Rcurl 和其他人身上。
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包编译吗?你看到像
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c aes.c -o aes.o这样的东西在屏幕上滚动了吗? -
你试过 sudo apt-get install r-cran-rcurl 吗?如果可行,它可能会告诉我们您的 gcc 或其他问题是否有问题
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我还应该补充一点,您需要安装 r-base-dev 才能从 CRAN 安装软件包 -
sudo apt-get install r-base-dev