使用 Sweave 编写大型文档。可以像使用 LaTeX 一样吗？答案

【问题标题】：Writing big documents with Sweave. Is it possible to do as with LaTeX?使用 Sweave 编写大型文档。可以像使用 LaTeX 一样吗？
【发布时间】：2023-03-22 06:16:01
【问题描述】：

我只是发现Sweave 和R。我看过一些Sweave文档的例子，也开始自己写一两个。在R 中进行计算并直接在LaTeX 文档中输出结果的能力给我留下了深刻的印象。

现在我正在考虑由几页和几个部分组成的更大的文档（就像我们通常使用LaTeX 一样）。使用LaTeX（我使用WinEdt），我设置了一个主文档（例如main.tex），然后设置了其他辅助文档，例如introduction.tex、discussion.tex等。

我的问题是：我们也可以使用Sweave 来执行此操作吗？现在我正在单独使用单个 Sweave 文档 (.Rnw)。我们可以像通常使用LaTeX 那样拥有多个Sweave 文档（一个主文档和一个辅助文档）吗？

一种解决方法是拥有单独的Sweave 文件，然后将它们编织成R LaTeX 块，可以将其复制到LaTeX 文档中，但整个想法似乎效率很低且耗时。

请告知您有什么建议和解决方案。

非常感谢...

【问题讨论】：

标签： r latex sweave

【解决方案1】：

这对我来说非常有效：

我有一个没有文本的主文件（“master.Rnw”），它仅用于收集最终形成文档的文件（章节、节）。

然后我有一个包含 R 代码的文件，该文件在其他各种文件（“func.Rnw”）中重复使用。在这里，我有很多命名的块

<<my_fun_1,eval=FALSE,echo=FALSE>>=
# code:
c <- a * b
@

在master.Rnw中，我在\begin{document}之后做的第一件事就是

\SweaveInput{func.Rnw}

从那里，我有我的命名块可用。在文件“chap1.Rnw”中我现在可以拥有

<<echo=FALSE>>=
a <- 10
b <- 25
<<my_fun_1>>
c
@

当然，我必须

\SweaveInput{chap1.Rnw})

进入master.Rnw。

我只需要\Sweave{master.Rnw} 然后 pdflatex 生成的 master.tex 文件，无需复制/粘贴或处理多个文件。

我只是在写一篇 60 多页的论文，其中包含大约 25 个表格和数字，到目前为止一切都很好。

希望这会有所帮助，雷纳

【讨论】：

@vaettchen 非常感谢您的详细解释。如果我理解得很好，那么不需要在 R 编辑器中明确设置 master.Rnw 文件（我不知道这是否可能）。只需在主文件中使用 put Sweaveinput{...}。有趣的。我得试试你的概念。现在有 1 人投票。
@yCalleecharan：当心 - 它是 \SweaveInput{} 大写 I
@vaettchen。好的，我得问你一些细节。在 master.Rnw 中，我们有：\documentclass[a4paper]{article} 和 \usepackage{Sweave}，在 \begin{document} 之后，我们放置了 \SweaveInput{func.Rnw} 和 \SweaveInput{chap1.Rnw}）。其次，在 chap1.Rnw 中，我们只有由 >== 和 @ 分隔的 R 代码，在这里您可以使用您在此处的示例中显示的函数来输出 c。这样好吗？最后，在 func.Rnw 文件中，我们还使用您提供的函数 my_fun1 编写了 R 代码。那么我们是否只在 master.Rnw 中设置了 \document{class} 选项和 \usepackage{Sweave} 选项？
@yCalleecharan：正确，只有 master.Rnw 需要 \documentclass{} 和 \usepackage{} 之类的东西，所有其他文件都是包含 Sweave 块和 LaTeX 格式文本的简单文本文件。运行 \Sweave{master.Rnw} 后，您将只有一个 master.tex 文件，其中包含所有文件的内容以及成功编译 LaTeX 所需的所有信息。
@ vaettchen 不幸的是，我得到：SweaveReadFile 中的错误（c（ifile，文件），语法，编码 = 编码）：没有找到名为 './chap1.Rnw)' 的 Sweave 文件调用： Sweave -> SweaveReadFile -> SweaveReadFile 执行停止

【解决方案2】：

我正在使用 Sweave 编写一本书，大约有 16 章。我同意使用带有多个 Rnw 文件的 makefile 是个好主意。这种方法的另一个好处是 make 可以并行运行（我认为是-p），因此根据本章的对象如何相互依赖，您可以同时运行大量代码。

对我产生影响的事情是缓存。我的几个代码块可以运行数天，但在编写本书的过程中并没有改变。有一些包允许您在运行时保存结果，并且只有在块所依赖的对象发生更改时才重新运行块。

有几个包可以做到这一点。见：

http://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html

我使用来自 Bioconductor 的 weaver 包。

当我在思考时...如果您有多个作者，我发现共享 Dropbox 帐户是维护项目的绝佳方式。

最大

【讨论】：

【解决方案3】：

我建议使用 RStudio (http://www.rstudio.com/ide/) 而不是 WinEdt。 Sweave 很好地集成到该 IDE 中，并且与 WinEdt 一样，您可以将一个文件设置为主文件。您可以从主文件中包含子文件，使用

\SweaveInput{Child.Rnw}

您可以通过包含指令将子文件链接回主文件

% !Rnw root = Master.Rnw

在子文件中。这样，在处理子文件并对其进行排版时，RStudio 知道要对主文件进行排版。

详细信息在http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/multiple_rnw_files的 RStudio 文档中进行了解释

最好的功能是 Synctex 和 TeX 错误日志导航即使在处理多文件文档时仍然有效。

【讨论】：