将部分文件夹名称附加到所有 .gz 中

Question

我有一个包含以下结构的数据文件夹：

sampleName1-randomNumbers/subfolder1/subfolder2/subfolder3/data1.gz
sampleName1-randomNumbers/subfolder1/subfolder2/subfolder3/data2.gz
sampleName2-randomNumbers/subfolder1/subfolder2/subfolder3/data1.gz

我想通过附加示例名称而不是要获取的随机数来修改每个示例文件夹中的所有 data.gz：

sampleName1-randomNumbers/subfolder1/subfolder2/subfolder3/sampleName1_data1.gz
sampleName1-randomNumbers/subfolder1/subfolder2/subfolder3/sampleName1_data2.gz
sampleName2-randomNumbers/subfolder1/subfolder2/subfolder3/sampleName2_data1.gz

这似乎应该是一个简单的 mv for 循环，但我无法弄清楚如何使用 basename 提取文件夹名称的一部分。

for i in */Data/Intensities/BaseCalls/*.gz; do mv $i "fastq""/"${i%%-*}"."`basename $i`; done

我不知道如何使文件保留在其原始文件夹中，但出于我的目的，将所有文件放入新文件夹（“fastq”）是可行的

Answer 1

我想“sampleName”部分不包括破折号。在这种情况下，请使用标准模式删除扩展：%%。也就是说，假设您的完整路径（相对于目录根目录）存储在$path 中，只需执行${path%%-*} 即可提取“sampleName”部分。在Bash Reference Manual 中搜索%% 了解更多详情。举个简单的例子：

> path=sampleName1-randomNumbers/subfolder1/subfolder2/subfolder3/data1.gz
> echo ${path%%-*}
sampleName1

否则，您还可以使用基于正则表达式的更高级的子字符串提取。请参阅 TLDP 高级 Bash 脚本指南中的 BashFAQ/100 或 Manipulating Strings。

更新。这是执行所描述工作的完整命令，它完全是 shell 原生的：

for file in */Data/Intensities/BaseCalls/*.gz; do
    mv "$file" "${file%/*}/${file%%-*}_${file##*/}"
done