parfor 循环不适用于 MATLAB 中的 IF 语句答案

【问题标题】：parfor loop won't work with IF statement in MATLABparfor 循环不适用于 MATLAB 中的 IF 语句
【发布时间】：2015-01-23 15:31:40
【问题描述】：

parfor EEG_temp=10:100;
    EEG_temp_filter=filter(ones(1,EEG_temp),1,EEG_amp_vals(eeg_temp_subset,:),[],2);
    EEG_vertices=eeg_temp_subset((max(EEG_temp_filter,[],2)==EEG_temp)>0);
    connected_EEG_vertices=EEG_vertices((sum(surface.VertConn(EEG_vertices,EEG_vertices))>=2)>0);

    if length(connected_EEG_vertices)<5000 && length(connected_EEG_vertices)>500
        for fMRI_index=1:length(fMRI_thresholds);

            signal_union=union(connected_EEG_vertices,unique(fMRI_Vertices(fMRI_index,:)));
            signal_intersection=intersect(connected_EEG_vertices,unique(fMRI_Vertices(fMRI_index,:)));

            Overlap=length(signal_intersection)/length(signal_union)*100;
            highest_overlap=max(highest_overlap,Overlap)-Overlap;

            if highest_overlap==0;
                EEG_amp_value=[EEG_amp_value,EEG_amp];
                EEG_temp_value=[EEG_temp_value,EEG_temp];
                fMRI_amp_value=[fMRI_amp_value,fMRI_thresholds(fMRI_index)/100];
                highest_overlap=max(highest_overlap,Overlap);

            end

        end
    end % end of if
    % eeg_temp_subset=EEG_vertices;
end %end of EEG_temp

此代码试图最大化三个变量EEG_temp、EEG_amp 和fMRI_amp，以确定哪个组合产生最高的重叠。由于有 10 个甚至数十万个组合，我认为 parfor 将有助于加快分析速度，因为我有一个可以将 16 个核心用于任务的集群。

我遇到的问题是highest_overlap 变量。如果我在 parfor 循环之外定义它，MATLAB 甚至不会让我开始运行分析，因为它是在 parfor 循环之外定义的，但是，如果我没有在 parfor 循环之外定义它，MATLAB 在到达parfor 循环，因为它没有被定义。

谁能提供解决我遇到的问题的建议？我认为 IF 语句可能与它有关，我必须将 highest_overlap 定义为差异的方式，因为如果我只是这样做 if highest_overlap==overlap，它告诉我我在滥用 highest_overlap多变的。因此，我将采取任何解决方案来使您可能拥有的此代码正常工作。无论是对最高重叠的使用方式的更改，还是对整个代码结构的更改，只要它运行即可。

【问题讨论】：

您好，欢迎来到 SO！我刚刚编辑了你的问题以改进格式——请在以后的问题中自己做。清晰的文字使回答更容易。 :-)
我没有解决您的问题的方法，但我强烈建议不要使用网格搜索（有或没有parfor），而是使用优化功能。看看fminsearch 和朋友们。
这是不可能的，因为迭代之间存在依赖关系。 parfor 的第二次迭代需要第一次的结果来评估highest_overlap。你在哪里更改代码中的EEG_amp，我真的不明白它是如何工作的。
EEG_amp 是它自己的 for 循环，我上面的所有内容都嵌套在其中。但是，如果 MATLAB 允许我在 parfor 循环中定义最高重叠，则不会有依赖关系，因为对于所有迭代，都会定义一个值，并且此时已经运行了多少次迭代并不重要，这么久因为当前的大于前一个。
@ a Donda 我不能使用 fminsearch，因为 fminsearch 不允许使用整数。结果，它坐在那里对 .01 或 .001 的顺序上的时间阈值进行更改，这对于该数据集没有意义，因此优化最终成为无论初始条件是 +- 一些非常非常小的变化。

标签： matlab parfor

【解决方案1】：

查看MATLAB's classification of parfor variables。 Parfor 很笨，如果不清楚每个变量是什么类型的变量，就会尖叫。

在您的情况下，当最高重叠未在循环之外定义时，它是一个临时变量，因此不会为循环的每次迭代保存，这对您的问题不起作用。给定 MATLAB 的逻辑，它一定是一个临时变量，因为你给它赋值，也就是

highest_overlap=max(highest_overlap,Overlap)-Overlap;

表示highest_overlap 是一个临时变量。然后，当您在 parfor 循环之外定义它时，它会看到临时变量已经定义并会抛出错误。

那么你如何绕过它？最简单的解决方案是使用切片变量。您可以预先分配一个向量并将 Overlap 的值保存到向量中，然后在 parfor 循环之外进行归约以实际求解最高重叠（而不是微分）。由于大部分计算时间可能都花在了其他函数调用上，因此这仍然可以提供很好的加速。我不完全明白为什么你需要在其中使用 if 语句，但要使用我提到的切片变量，你需要保存所有 EEG_amp_value 等来切片变量以及恢复解决方案。

由于 MATLAB parfor 的工作方式，许多解决方案需要执行一些需要使用更多内存的操作，以换取加速。我建议的方式就是这样。但是，如果您真的很小心，您也许可以将highest_overlap 归类为减少变量，然后它会起作用，但我认为因为它在if 语句中它不能。

【讨论】：