打开与模式匹配的文件

Question

我的文件夹中有以下文件：

Sim_zone_1_TEMP_cell_1_5.ffData
Sim_zone_1_TEMP_cell_1_5.RData
Sim_zone_338_TEMP_cell_338.ffData
Sim_zone_338_TEMP_cell_338.RData

我还有以下细胞向量：

cell <- c(1,5,338)

我想打开我的单元格数与名称匹配的文件。例如，对于我想要的单元格 1 和 5：

ffload("Sim_zone_1_TEMP_cell_1_5")

对于单元格 338：

ffload("Sim_zone_338_TEMP_cell_338")

我尝试了以下代码：

for (i in 1:length(cell) {
  list.files(path = results_wd, 
             pattern=paste("TEMP_cell_",cell[i],"_",sep=""))
  }

它适用于 1 号单元格，但不适用于 5 号单元格（因为我有 cell_1_5 而不是 cell_5）。我不能只使用 "pattern=paste(" _ ",cell[i]," _ ",sep="")" 因为我可以在 "zone" 之后使用相同的数字。例如，它是 TEMP，但也可以是其他东西。

其实我想要两件事：

1. 选择_cell[i]_出现在“cell”之后的任意位置的文件名
2. 一旦有了我想使用的名称 ffload(Sim_zone_X_TEMP_cell_X_X)，请从名称中删除“.ffdata”或“.RData”

有人可以帮我吗？

Answer 1

我首先获取文件名（这里我只是将它们写入向量，但您可以使用 list.files），然后使用 gsub() 去除扩展名，然后循环通过 cell 并匹配匹配文件名相应地使用grep()。

我在f.names（测试文件名）中添加了一些额外的元素，以确保在我认为您可能会遇到的某些情况下匹配不会失败（例如，338 不应匹配 cell_3381） .

匹配的基本逻辑是在文件名中找到cell[i]中的数字。 cell[i] 中的数字被定义为文件名中数字字符（例如 338）的匹配序列，其中 1) （不立即）前面是“单元格”，2) 立即 前面由“_”和 3) 不后跟任何数字

f.names <- c("Sim_zone_1_TEMP_cell_1_5.ffData", "Sim_zone_1_TEMP_cell_1_5.RData", "Sim_zone_338_TEMP_cell_338.ffData", "Sim_zone_338_TEMP_cell_338.RData", "Sim_zone_1_TEMP_5_cell_1.RData", "Sim_zone_338_TEMP_cell_338_1.RData", "Sim_zone_338_TEMP_cell_3381.RData", "Sim_zone_338_TEMP_cell_1338.RData", "Sim_zone_338_TEMP_cell_133811.RData") # example file names
# f.names <- list.files(path=results_wd) # to define f.names based on directory contents, use this line instead
f.names.noExt <- gsub("\\.(?:ff|R)Data$", "", f.names, perl=TRUE) # remove extension from file names

cell <- c(1,5,338) # "cell" values through which to cycle

stored.matches <- list() # this will store matching file names (sans extension), each element of the list will contain a vector of names
for(i in 1:length(cell)){
    t.cell <- cell[i] # temporary cell value
    t.pattern <- paste("(?<=cell).*_", t.cell, "(?![0-9])", sep="") # temporary pattern based on t.cell
    t.matches <- grep(t.pattern, f.names.noExt, perl=TRUE, value=TRUE) # temporary matches
    stored.matches[[as.character(t.cell)]] <- t.matches # store the matched names in a list 
}

print(stored.matches)