使用 sed 更改多个文件中的字符串答案

【问题标题】：Change string in multiple files using sed使用 sed 更改多个文件中的字符串
【发布时间】：2017-09-06 21:34:16
【问题描述】：

我有多个这样的文件：

67 572 Cy_aJATC23 ?????????????????????????GCCCTGCTGAGGCCCATAGTCACAGAAGGACAAAGTGCCAGACCACCCCCTTTCTGGCCTTTAATCTGTGGTGGTGCTGGCACTGCCTCCACACGGGCCTCACTGTGTGACAATGCTCCTTTCAGGTGAGGTCTGATCGGGACAAGTTCACAATCATGCTGGATGTAAAACACTTCTCTCCCGAAGACTTGAGTGTGAAGATTATTGATGACTTTGTGGAAATCCATGGCAAGCACAGTGAAAGGCAGGTAAGTGGAAGTGATGGTGATGGTGGAGAAACTGGAGAGTCCAGCTCCGTTTCCCTTCTTTCCAACGGTTCTCAGCTGAAGGAAAAAAAAAAAGAATATATCAGAAGAAGGAGTTAATTATGAATTGTCATTATTGGCACGGCCTGTTCCCATAGAGCCCCCATCTGATATCTGACAATAACAA

我想改变第一行

65572

由

['文件名'572]

文件的名称是“ACA_exon2.phylip-sequential”，我只想要第一部分“ACA_exon2”，但我没问题，我可以在之后更改它。

我很接近这个

for file in ~/folder/*; do sed -E 's/^ (\w+)( \w+)/\[$file\2]/g' $file ; done;

这是结果

[$文件 572] Cy_aJATC23 ??????????????????????????????????????????????????? ????????????????TACCACCCAAGATGTTAACAAGCTGGCATGTTTTGAGCATCAAAGATAGAGAGGAAACTGTGTTTACATGTTTGGCACAAAAACTAATGAGGAAAGTCAATTGGCCCTTTGTCTTGAGGGTCTGAAGAGCCGCGCTCTAATGTTTGGTTTCTTGGTTGGCACTTGTTCAAGTAATCACTCGTGGCCTGACAAAGCAGCACTTGTGTTTTATTAGTGGCCATGCTGAACTCTCCTGCCTGGGCTATGTTGCCTCTCAATAGAGCACTGCACCAGAGGGCATACTTATTTGAAAACACTAAATCAGAGCATGATGATCTTTGCCCGACAAATACAACCAAGAGAGGAGAAAGAAAAGTGACAACAGCTCTCCTTTTGTTAGAGAAAGTGAGGAAACAACAACTGGTGTGTGTGCATGTGCATGTGTGTAAGATGAGTCCTGAAACACCGGTGACGAAATGAGCAAAACTTTGTTCCCATAATGTGATGCTCAGAACCAACTGGATT???

sed 无法将 $file 识别为将名称保留在文本中的命令...

我想要这个

[ACA_exon2 572] Cy_aJATC23 ??????????????????????????????????????????????????? ????????????????TACCACCCAAGATGTTAACAAGCTGGCATGTTTTGAGCATCAAAGATAGAGAGGAAACTGTGTTTACATGTTTGGCACAAAAACTAATGAGGAAAGTCAATTGGCCCTTTGTCTTGAGGGTCTGAAGAGCCGCGCTCTAATGTTTGGTTTCTTGGTTGGCACTTGTTCAAGTAATCACTCGTGGCCTGACAAAGCAGCACTTGTGTTTTATTAGTGGCCATGCTGAACTCTCCTGCCTGGGCTATGTTGCCTCTCAATAGAGCACTGCACCAGAGGGCATACTTATTTGAAAACACTAAATCAGAGCATGATGATCTTTGCCCGACAAATACAACCAAGAGAGGAGAAAGAAAAGTGACAACAGCTCTCCTTTTGTTAGAGAAAGTGAGGAAACAACAACTGGTGTGTGTGCATGTGCATGTGTGTAAGATGAGTCCTGAAACACCGGTGACGAAATGAGCAAAACTTTGTTCCCATAATGTGATGCTCAGAACCAACTGGATT???

你能帮帮我吗？

提前致谢

【问题讨论】：

这会方式在awk中更容易做到
请务必在 Bash btw 中的变量扩展周围使用引号。 "$file" 在你上面的例子中......
它不适用于"$file" - ["$file" 572]
我可以看到它不起作用。只是指出变量需要在 Bash 中引用，否则可能会发生不好的事情。请参阅我的答案以了解引用的内容和未引用的内容。

标签： string bash sed filenames

【解决方案1】：

给定：

$ cat f1.exon
67 572 Cy_aJATC23 ?????????????????????????
GCCCTGCTGAGGCCCATAGTCACAGAAGGACAAAGTGCCAGACCACCCCCTTTCTGGCCTT
$ cat f2.exon
67 573 Cy_aJATC23 ?????????????????????????
GCCCTGCTGAGGCCCATAGTCACAGAAGGACAAAGTGCCAGACCACCCCCTTTCTGGCCTT

你可以在awk：

$ awk 'FNR==1{$1="[" FILENAME; $2=$2 "]"} 1' *.exon
[f1.exon 572] Cy_aJATC23 ?????????????????????????
GCCCTGCTGAGGCCCATAGTCACAGAAGGACAAAGTGCCAGACCACCCCCTTTCTGGCCTT
[f2.exon 573] Cy_aJATC23 ?????????????????????????
GCCCTGCTGAGGCCCATAGTCACAGAAGGACAAAGTGCCAGACCACCCCCTTTCTGGCCTT

sed 中的相同概念：

for fn in *.exon; do 
    sed -E '1s/^[[:digit:]]+( [[:digit:]]+)/['"$fn"'\1]/' "$fn"
done    
# same output

如何将其保存在文件中？

您可以将文件重定向到临时文件，然后mv 临时文件将原始文件重命名为新内容：

for fn in *.exon; do 
    awk 'FNR==1{$1="[" FILENAME; $2=$2 "]"} 1' "$fn" > a_temp_exon
    mv a_temp_exon "$fn"
done

对于sed，只需使用-i 就地替换选项。

解释：

awk 'FNR==1{$1="[" FILENAME; $2=$2 "]"} 1' *.exon
      ^   ^                                       first line only
           ^                          ^           do this action
            ^                                     first field
               ^     ^                            literal [ and FILENAME
                             ^                    second field
                                 ^                it's same value
                                    ^             literal ]
                                        ^         print the line

【讨论】：

很好，它工作正常。如何将其保存在文件中？另外，你知道如何只保留 f1 和 f2 （你的例子）吗？另外，请您解释一下您的命令吗？
另外，你知道如何只保留 f1 和 f2（你的例子）吗？我不明白你的那部分问题......
谢谢@dawg！而不是f1.exon，只是f1
这只是因为我使用的演示文件名。如果您在f1 中的实际文件名将被使用。如果您的实际文件名是 f1.ext 并且您只想插入 f1 您可以使用 bash 参数扩展或正则表达式来删除它。
好的，谢谢，我只是想知道我是否可以按照您提供的命令执行此操作。但是很完美！ ;)

【解决方案2】：

您尝试使用单引号，因此其中的变量不会被扩展。试试这个：

sed -E "s/^ (\w+)( \w+)/\[$file\2]/g" $file

或

sed -E 's/^ (\w+)( \w+)/\['$file'\2]/g' $file

【讨论】：

不，sed 不接受：'sed: $ for file in ~/folder/*;做 sed -E "s/^ (\w+)( \w+)/[$file\2]/g" $file ;完毕; sed: -e 表达式 #1, char 22: `s' 的未知选项
不，同样的错误，双倍打印 ["$file" 572]
你能告诉我你是如何使用双引号的吗？我的意思是得到 ["$file" 572]
for file in ~/folder/*; do sed -E 's/^ (\w+)( \w+)/\["$file"\2]/g' $file ; done;
这种情况下还是使用外单引号，变量不会被展开

【解决方案3】：

Maxim 关于变量扩展是正确的，但是我相信您在使用双引号时需要转义反斜杠：

sed -E "s/^ (\\w+)( \\w+)/\\[$file\\2]/g" $file

【讨论】：

@luke，你是对的，当我们对整个字符串使用双引号时，我们需要双斜杠