我目前正在尝试将 bash 命令的结果放入 Cheetah 变量中：
#set $name = #echo '$input.element_identifier' + ".phy" | cut -d _ -f 1
'$input.element_identifier' 是（某种意义上）指向前一个输入文件名称的链接（我尝试在生物信息学软件 Galaxy 的 xml 包装器部分中做到这一点)
我的问题是 Cheetah 无法识别 echo 命令中的“$”...我尝试了很多其他语法但问题仍然存在（所以我不知道命令的其余部分是否是正确的）
这是一个相当具体的问题（与 Galaxy 软件的管理和使用有关），我希望我很清楚。
谢谢
【问题讨论】：
您当前方法的两个错误：
#echo 不执行操作系统命令，#echo 执行 Python 表达式。
#echo 不返回结果，#echo 将结果放入输出流（HTML 或任何输出）。
要执行操作系统命令，您需要os.system() 或subprocess.Popen()。要分配命令的结果，您当然需要捕获命令的标准输出，Popen 更适合该任务。
类似的东西：
#import subprocess
#set $name = $subprocess.check_output($input.element_identifier + '.phy | cut -d _ -f 1', shell=True)
【讨论】：
shell=True，而不是use_shell=True。也就是说，这对我来说根本看起来并不安全（就避免 shell 注入攻击而言）——在由 shell 解析为代码的位置注入任意字符串是安全妥协的简单途径。如果可以运行 Python 代码，为什么不在 Python 中做提取我们想要的文件名组件的工作呢？
shell=True 的同时确保其安全，您可以将替换从代码本身带外移出—— subprocess.Popen(['shell script here using "$1"', '_', "this becomes $1"], shell=True) 是如何安全执行此操作的示例（如果 shell 脚本在您作为作者的控制之下，但替换 this becomes $1 的值不是）。
shell=True！我总是忘记subprocess 的参数。
#set $name = $subprocess.check_output(["echo", $input.element_identifier'.phy', "|", "cut", "-d", "_", "-f", "1"] )。另一个命令#subprocess.call(["mv", $input.element_identifier'.phy', $new_file]) 也无法识别“$”...
os.rename()。