如何使用networkx绘制子图

Question

我尝试根据节点名称列表从 networkx 中的 karate_club_graph 绘制子图，但失败了。怎么能画出我想展示的子图？

import networkx as nx
from matplotlib import pylab as pl

G = nx.karate_club_graph()
res = [0,1,2,3,4,5]
new_nodes = []
for n in G.nodes(data=True):
  if n[0] in res:
    new_nodes.append(n)

k = G.subgraph(new_nodes)
pos = nx.spring_layout(k)

pl.figure()
nx.draw(k, pos=pos)
pl.show()

Answer 1

您遇到的问题是您的 subgraph 命令告诉它创建一个带有节点列表的子图，其中每个元素不仅是节点名称，而且是有关该节点名称的数据。命令G.subgraph 只需要节点名称列表。

解决这个问题的最简单方法就是

k = G.subgraph(res)

即使res 中的某些节点不在G 中，它也会起作用。

我将进行此更改，并通过在绘图中添加额外的子图来展示如何以一致的位置多次绘制。它将绘制您的k，然后绘制由不在k 中的所有节点组成的子图。请注意，由于subgraph 的工作方式，两者之间不会存在任何边缘。

import networkx as nx
from matplotlib import pylab as pl

G = nx.karate_club_graph()
res = [0,1,2,3,4,5, 'parrot'] #I've added 'parrot', a node that's not in G
                              #just to demonstrate that G.subgraph is okay
                              #with nodes not in G.    
pos = nx.spring_layout(G)  #setting the positions with respect to G, not k.
k = G.subgraph(res)  

pl.figure()
nx.draw_networkx(k, pos=pos)

othersubgraph = G.subgraph(range(6,G.order()))
nx.draw_networkx(othersubgraph, pos=pos, node_color = 'b')
pl.show()

在G.nodes()调用中有data=True的效果如下：

print G.nodes()
> [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33]
print G.nodes(data=True)
> [(0, {'club': 'Mr. Hi'}), (1, {'club': 'Mr. Hi'}), (2, {'club': 'Mr. Hi'}), (3, {'club': 'Mr. Hi'}), (4, {'club': 'Mr. Hi'}), (5, {'club': 'Mr. Hi'}), (6, {'club': 'Mr. Hi'}), (7, {'club': 'Mr. Hi'}) ...  *I've snipped stuff out*

所以G.nodes() 只是给出节点名称。 G.nodes(data=True) 给出了一个元组列表，其中第一个条目是节点名称，第二个条目中显示了关于这些节点的任何数据。