为什么 nx.draw_networkx_edges 在绘制图形边缘时不连接节点？

Question

我有一个图表G 想要绘制。 G 是一个空间有向图，因此我的节点具有我想要绘制它们的特定坐标。该图是使用来自here 的sknw.build_sknw 从图像的形态骨架构建的（但我认为它没有发挥重要作用）。 但是，在绘图时，我遇到了一些边连接问题，其中两个相邻节点之间的某些边在图中没有连接。它们指向正确的方向，但太短了。但是，这只发生在某些边缘上。大多数都正确显示：

这是一个重现错误的最小示例，其中包含 3 个节点和 2 个边：

我正在通过以下方式从边缘列表中读取图表：

G = nx.read_edgelist('test.edgelist', data=True, create_using=nx.DiGraph())

test.edgelist 如下所示：

2789 2762 {'pts': [[697, 259], [698, 259], [699, 259], [700, 259], [701, 259], [702, 259], [703, 259], [704, 259], [705, 259]], 'weight': 8.0}
2789 2823 {'pts': [[708, 264], [707, 265], [706, 266], [706, 267], [706, 268], [706, 269], [705, 270], [704, 271], [703, 272], [702, 273], [701, 274], [700, 275], [699, 275], [698, 275], [697, 275], [696, 275], [695, 276], [695, 277], [695, 278], [695, 279], [695, 280], [695, 281], [695, 282], [696, 283], [697, 284], [697, 285], [697, 286], [697, 287], [698, 288], [698, 289], [699, 290], [699, 291], [699, 292], [699, 293], [700, 294], [700, 295], [701, 296], [701, 297], [701, 298], [702, 299], [702, 300], [703, 301], [704, 302], [705, 303], [706, 304], [707, 305], [707, 306], [708, 307], [708, 308], [709, 309], [710, 309], [711, 310], [712, 310], [713, 310]], 'weight': 62.94112549695427}

“pts”列表对应于原始形态骨架的像素（在第一张图像中为白色），它们位于两个交叉点（即我的图表中的节点）之间。

我使用nx.draw_networkx_edges 和nx.draw_networkx_nodes 来绘制我的图表。我使用坐标字典 coord_dict 定义布局，如下所示：

coord_dict = {'2789': [707, 261], '2823': [714, 311], '2762': [695, 259]}

现在，每当我使用以下代码绘制图表时：

edges = nx.draw_networkx_edges(G, pos=coord_dict, arrows=True, arrowstyle='->', edge_color='green', arrowsize=0.75, width=0.45, ax=ax)
nodes = nx.draw_networkx_nodes(G, pos=coord_dict, node_size=0.15, node_color='red')

我得到一个像这样的图，其中边没有连接到第二个节点：

我发现，当不通过arrows=False 绘制边缘时，直边将连接。然而，箭头对我的可视化很重要，因此我希望能帮助我克服这个绘图问题。另外，我想了解为什么有些箭头可以正确连接而其他箭头不能正确连接的一般问题。谢谢！

Answer 1

发生这种情况是因为边和节点是独立生成的，手动设置大小和宽度可能会导致节点与边稍微分开。如果您不需要单独绘制它们，只需调用nx.draw：

nx.draw(G, pos=coord_dict, 
        arrowstyle='->', 
        arrowsize=20, 
        width=2,
        with_labels=True, 
        node_size=500, 
        node_color='orange',
        edge_color='green')

或者，与您所做的相同，但避免自定义节点和箭头大小：

plt.figure(figsize=(8,5))
ax = plt.gca()
nx.draw_networkx_edges(G, pos=coord_dict, arrows=True, arrowstyle='->', 
                       edge_color='green', width=2, ax=ax)
nx.draw_networkx_nodes(G, pos=coord_dict, node_color='orange')
nx.draw_networkx_labels(G, pos=coord_dict)
plt.box(False)