重塑图像后如何保存图像（nii.gz）？

Question

我正在尝试在重塑图像后对其进行重塑，但在保存方法方面我遇到了问题。这是我要运行的代码：

import nibabel as nib
import numpy as np
from nibabel.testing import data_path
import os
example_filename = os.path.join("D:/Volumes convertidos LIDC", 
'teste001converted.nii.gz')
img = nib.load('teste001converted.nii.gz')
print (img.shape)
newimg = img.get_fdata().reshape(332,360*360)
print (newimg.shape)
final_img = nib.Nifti1Image(newimg, img.affine)
nib.save(final_img, os.path.join("D:/Volumes convertidos LIDC", 
'test2d.nii.gz'))

我得到一个错误：

（最近一次通话最后）：

文件“d:\Volumes convertidos LIDC\reshape.py”，第 17 行，在 final_img = nib.Nifti1Image(newimg, img.affine)

init 中的文件“C:\Python39\lib\site-packages\nibabel\nifti1.py”，第 1756 行 super(Nifti1Pair, self).init(dataobj,

init 中的文件“C:\Python39\lib\site-packages\nibabel\analyze.py”，第 918 行 super(AnalyzeImage, self).init( init 中的文件“C:\Python39\lib\site-packages\nibabel\spatialimages.py”，第 469 行 self.update_header()

文件“C:\Python39\lib\site-packages\nibabel\nifti1.py”，第 2032 行，在 update_header 中 超级（Nifti1Image，自我）.update_header（） 文件“C:\Python39\lib\site-packages\nibabel\nifti1.py”，第 1795 行，在 update_header super(Nifti1Pair, self).update_header()

文件“C:\Python39\lib\site-packages\nibabel\spatialimages.py”，第 496 行，在 update_header 中 hdr.set_data_shape(shape)

文件“C:\Python39\lib\site-packages\nibabel\nifti1.py”，第 880 行，在 set_data_shape 中 super(Nifti1Header, self).set_data_shape(shape)

文件“C:\Python39\lib\site-packages\nibabel\analyze.py”，第 633 行，在 set_data_shape 中

raise HeaderDataError(f'shape {shape} does not fit in dim datatype')

nibabel.spatialimages.HeaderDataError: shape (332, 129600) 不适合 dim 数据类型

有什么办法可以解决吗？

Answer 1

您正在尝试保存 numpy 数组，而 nib.save 需要一个 SpatialImage 对象。

您应该将numpy 数组转换为SpatialImage：

final_img = nib.Nifti1Image(newimg, img.affine)

之后您可以保存图像：

nib.save(final_img, os.path.join("D:/Volumes convertidos LIDC", 'test4d.nii.gz'))

请参阅documentation 和此answer 了解更多说明。

编辑：如果 newimg 是 2D 图像，这将不起作用。