如何检查分子动力学中粒子之间的重叠

【问题标题】：How to check overlap between to particle in Molecular Dynamics如何检查分子动力学中粒子之间的重叠
【发布时间】：2017-04-13 10:28:52
【问题描述】：

假设我有 10 个粒子，每个粒子都有三个坐标。我想随机放置它们，使两个粒子之间的距离总是大于某个值（比如 1）。任何想法如何做到这一点。

【问题讨论】：

一个简单的建议是：(i) 随机化 3 个值 (x, y, z)，(ii) 将新坐标与所有旧坐标进行比较，(iii) 如果距离 > 一些值，放置它，否则，转到i。你试过什么？
我试过了，但无法完全消除重叠。

【解决方案1】：

由于您没有提到粒子被限制在某个体积内，即它们可以在 R^3 中的任何位置，您可以只引入随机数

n = 10
pos = np.random.random(3*n).reshape(n,3)

然后计算所有成对距离，请参阅this question 了解如何有效地做到这一点，然后将整个数组 pos 与最小距离相除（如果您使用值 1 作为没有的距离两个粒子应该永远小于）。

【讨论】：