根据匹配字符串将文件中的 SYMBOL 替换为另一个文件中的 SYMBOL答案

【问题标题】：Replace SYMBOL in file with SYMBOL in another file based on matching string根据匹配字符串将文件中的 SYMBOL 替换为另一个文件中的 SYMBOL
【发布时间】：2014-04-26 11:19:39
【问题描述】：

我不是最好的脚本编写者，并且遇到了一个问题，您或许可以指导我。我有两个文件。

(1) SYMBOL.txt（其中第 1 列和第 2 列代表 NAME 和 ID）

"UBA6"  "A0AVT1"
"NBAS"  "A2RRP1"
"GSAP"  "A4D1B5"
"GRID2IP"   "A4D2P6"
"TRAPPC13"  "A5PLN9"

(2) PAIR.txt（第 1 列和第 2 列代表 ID）

A0AVT1  P62988
P06400  Q14186
Q14186  P28749
Q6NUQ1  A2RRP1
O43264  A2RRP1

我需要将SYMBOL.txt 与PAIR.txt 匹配，并将PAIR.txt 中的IDs 替换为SYMBOL.txt 中的NAMES。

(1) 我已经写了一个简单的 awk 脚本来解决这个目的，但是我也需要将 IDS 替换为根本不匹配的 NA（实际上我是做不到）。

(2) 我将输入文件 PAIR.txt 修改为输出，但我需要一个单独的输出文件（在本例中为 LL）。

我写的脚本：

awk '{print $2 $1}' SYMBOL.txt \
    | sed 's/^/sed/g' \
    | sed 's/\""/\//g' \
    | sed 's/\"/\//g' \
    | sed 's/^sed/sed -i \"s/g' \
    | sed 's/$/g"/g' \
    | sed 's/$/ PAIR.txt/g' \
    | sh >LL

我需要的样本输出：

UBA6 NA
NA NA
NA NA
NA NBAS

请有任何建议。

【问题讨论】：

你知道sed 接受多个命令吗？
@choroba awk 也是如此 :)

标签： regex awk sed

【解决方案1】：

而不是使用sed 编写sed，这将对'PAIR.txt' 中的每一行执行一个sed 命令，我认为你最好多写一点awk。这是使用数组来保存您的 NAME 和 ID 的一种方法。它使用三元运算用字符串“NA”替换缺失的 ID。

awk 'FNR==NR {

    gsub(/"/,"");
    a[$2]=$1;

    next
}
{
    for (i=1;i<=NF;i++) {

        $i = ($i in a) ? a[$i] : "NA"
    }
}
1' SYMBOL.txt PAIR.txt

结果，使用您的输入：

UBA6 NA
NA NA
NA NA
NA NBAS
NA NBAS

【讨论】：