在平行坐标图上为每个变量添加一条平均线答案

【问题标题】：Adding a mean line for each variable on a parallel coordinates plot在平行坐标图上为每个变量添加一条平均线
【发布时间】：2020-02-05 01:55:24
【问题描述】：

使用 iris 数据集，我可以制作如下平行坐标图。

library(GGally)
ggparcoord(data=iris,columns = (2:4),groupColumn = "Species")

我还想在同一个图上绘制每种花卉的每个变量的平均值。我该怎么做？

我曾想过用平均值制作一个新的数据框，但这似乎真的很不雅。

【问题讨论】：

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

我认为这里需要使用方法创建一个额外的数据框，因为没有选项可以仅使用 ggparcoord 提供的参数来执行此操作。

使用 dplyr/tidyverse 准备数据框并绘图如下：

libary(dplyr)

scaled_means <- iris %>%
  select(- Sepal.Length) %>%
  # Need to scale in the same as ggparcoord is doing
  mutate_at(vars(- Species), ~ scale(.)[, 1]) %>%
  group_by(Species) %>%
  summarize_all(mean) %>%
  pivot_longer(- Species, names_to = "variable", values_to = "value")

ggparcoord(data=iris,columns = (2:4),groupColumn = "Species") +
  geom_point(data = scaled_means, aes(x = variable, y = value, colour = Species),
             size = 3,
             inherit.aes = FALSE)

结果：

【讨论】：

~ scale(.)[, 1] 1 在这里做什么？这段代码是否总是根据 ggparcoord 中使用的 scale 方法来缩放均值？
scale() in base R 有点烦人，它以矩阵形式返回结果，因此[, 1] 将该列从矩阵中拉出并使其成为向量。我编写了代码以匹配ggparcoord 中的默认缩放比例，但如果您更改ggparcoord 缩放选项，则必须更改代码。