使用 R 重新采样 fmri 图像答案

【问题标题】：Resampling fmri images using R使用 R 重新采样 fmri 图像
【发布时间】：2015-10-07 19:38:45
【问题描述】：

我想将尺寸为 53x63x46 的 fmri 图像（nii 或 .img）重新采样为 256x256x256 的新图像。

其实我只需要新的 3D 数组（矩阵）。

在 R 中是：

NEWIMAGE [1:256,1:256,1:256]

如果不可能，你知道 SPM (matlab) 是怎么做的吗？如果可能的话，代码。

源图片文件，示例：

IMG 尺寸（53x63x46）：https://www.dropbox.com/s/25oa0wr7prbcbl7/fica_3.img?dl=0

HDR：https://www.dropbox.com/s/4quyx60wraiw2o4/fica_3.hdr?dl=0

使用 SPM 的结果：

新的 IMG 尺寸 (256x256x256)：https://www.dropbox.com/s/y4ut9ttrj964q8c/ica3.nii?dl=0

谢谢！

【问题讨论】：

也许您想提供一两张图片...
dropbox.com/s/25oa0wr7prbcbl7/fica_3.img?dl=0 让我知道您是否还需要 .hdr 文件。谢谢
dropbox.com/s/4quyx60wraiw2o4/fica_3.hdr?dl=0 hdr 文件

标签： r image matlab resampling

【解决方案1】：

我找不到专门使用 R 的方法，但我将介绍两种方法：

1 - 使用 Fresurfer：

#!/bin/bash
export FREESURFER_HOME=~/Neuro/freesurfer # your folder...
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

mri_convert -rl reference_image.img -rt interpolate image_to_resample.img new_image.img

2 - 使用 FSL：

flirt -in image_to_resample.img -ref ref_image.img -out new_image.img -applyisoxfm 1

您也可以使用 SPM，“Coregister (Reslice)”。

希望对您有所帮助！

【讨论】：