"IsADirectoryError: [Errno 21] 是一个目录：" 它是一个文件答案

【问题标题】："IsADirectoryError: [Errno 21] Is a directory: " It is a file"IsADirectoryError: [Errno 21] 是一个目录：" 它是一个文件
【发布时间】：2018-09-14 20:14:14
【问题描述】：

我已经将数据分成测试集和训练集到不同的文件夹中。现在我需要加载患者数据。每个患者有 8 张图像。

def load_dataset(root_dir, split):
    """
    load the data set numpy arrays saved by the preprocessing script
    :param root_dir: path to input data
    :param split: defines whether to load the training or test set
    :return: data: dictionary containing one dictionary ({'data', 'seg', 'pid'}) per patient
    """
    in_dir = os.path.join(root_dir, split)
    data_paths = [os.path.join(in_dir, f) for f in os.listdir(in_dir)]
    data_and_seg_arr = [np.load(ii, mmap_mode='r') for ii in data_paths]
    pids = [ii.split('/')[-1].split('.')[0] for ii in data_paths]
    data = OrderedDict()
    for ix, pid in enumerate(pids):
        data[pid] = {'data': data_and_seg_arr[ix][..., 0], 'seg': data_and_seg_arr[ix][..., 1], 'pid': pid}
    return data

但是，错误提示：

File "/home/zhe/Research/Seg/heart_seg/data_loader.py", line 61, in load_dataset
data_and_seg_arr = [np.load(ii, mmap_mode='r') for ii in data_paths]
File "/home/zhe/Research/Seg/heart_seg/data_loader.py", line 61, in <listcomp>
data_and_seg_arr = [np.load(ii, mmap_mode='r') for ii in data_paths]
File "/home/zhe/anaconda3/envs/tf_env/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/npyio.py", line 372, in load
fid = open(file, "rb")
IsADirectoryError: [Errno 21] Is a directory: './data/preprocessed_data/train/Patient009969'

它已经是一个文件名，而不是一个目录。谢谢！

【问题讨论】：

* data_paths 是一个目录。我想要的是在患者文件夹（data_paths）中加载图像（data_and_seg_arr）。但是错误说 data_paths 应该是一个文件，而不是一个目录。

标签： python numpy load

【解决方案1】：

看来./data/preprocessed_data/train/Patient009969 是一个目录，而不是一个文件。

os.listdir() 返回文件和目录。

也许尝试改用os.walk()。它将文件和目录分开处理，并且可以在子目录内递归以迭代方式查找更多文件：

data_paths = [os.path.join(pth, f) 
[for pth, dirs, files in os.walk(in_dir) for f in files]

【讨论】：

非常感谢。我错了。 data_paths 是一个目录。我想要的是在 Patient 文件夹（data_paths）中加载 image0~7（data_and_seg_arr）。但是错误说 data_paths 应该是一个文件。
@Zhuo 如果您使用我的答案中提供的代码，它应该可以工作

【解决方案2】：

你的路径中有文件和目录吗？ os.listdir 将列出文件和目录，因此当您尝试使用np.load 打开目录时，它会给出该错误。您可以只过滤文件以避免错误：

data_paths = [os.path.join(in_dir, f) for f in os.listdir(in_dir)]
data_paths = [i for i in data_paths if os.path.isfile(i)]

或者全部放在一行中：

data_paths = [i for i in (os.path.join(in_dir, f) for f in os.listdir(in_dir)) if os.path.isfile(i)]

【讨论】：

非常感谢。我错了。 data_paths 是一个目录。我想要的是在患者文件夹（data_paths）中加载图像（data_and_seg_arr）。但是错误说 data_paths 应该是一个文件

【解决方案3】：

我遇到了同样的问题，但我通过将路径从 Data/Train_Data/myDataset/(my images) 更改为 Data/Train_Data/(my images) 解决了问题，其中脚本 python 与 Data 位于同一路径中。希望对您有所帮助。

【讨论】：