在snakemake中链式动态输入/输出规则

Question

我正在尝试创建一个管道，在该管道上运行一个小的规则链，由早期规则使用输出输出的动态数量的文件。但是，我收到以下错误：“无法从输出文件中确定输入文件中的通配符：”。

这表明我目前不支持我正在尝试做的事情。这是我正在尝试做的一个伪示例：

rule a:
    input: "my static file.txt"
    output: dynamic('my/path/{id}.txt')

rule b:
    input: dynamic('my/path/{id}.txt')
    output: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')

rule c:
    input: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')
    output: 'gather.txt'

运行蛇形

rule all:
    input: dynamic('my/path/{id}.txt')

没有任何问题，但是当我运行snakemake时：

rule all:
    input: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')

我收到错误：“无法从输出文件中确定输入文件中的通配符：”

是否支持此功能？有没有人成功制作过这样的链条？我需要考虑哪些因素？

谢谢！

Answer 1

已通过从规则 b 中删除动态语句来解决此问题。