仅当另一个规则失败时才在 Snakemake 中运行规则，对于它失败的特定样本？答案

【问题标题】：Run rule in Snakemake only if another rule fails, for the specific samples that it failed for?仅当另一个规则失败时才在 Snakemake 中运行规则，对于它失败的特定样本？
【发布时间】：2021-06-21 17:25:40
【问题描述】：

我正在 Snakemake 中运行宏基因组学管道。我正在为我的程序集运行 MetaSPAdes，但 MetaSPAdes 对于特定示例经常会失败的情况并不少见。如果 MetaSPAdes 失败，我只想在失败的样本上运行 MEGAHIT。有没有办法在 Snakemake 中创建这种规则依赖？

例如：

如果规则失败（在本例中为使用 MetaSPAdes 的程序集），则生成特定文件。我想这意味着 MetaSPAdes 规则的输出需要是重叠群或“失败的”输出文件。这将有助于 Snakemake 识别不重新运行此规则。
创建规则失败的样本列表，然后
仅对 MetaSPAdes 程序集失败的示例列表运行不同的规则（在这种情况下，对这些示例运行 MEGAHIT）。

有没有人想出一个优雅的方法来做这样的事情？

【问题讨论】：

标签： bioinformatics snakemake

【解决方案1】：

我不熟悉您提到的程序，但我认为您不需要单独的规则来满足您的需求。您可以编写一条规则，首先尝试运行 metaspades，如果失败，请尝试 megahit。例如：

rule assembly:
    input:
        '{sample}.in',
    output:
        '{sample}.out',
    run:
        import subprocess

        p = subprocess.Popen("MetaSPAdes {input} > {output}", shell= True, stderr= subprocess.PIPE, stdout= subprocess.PIPE)
        
        stdout, stderr= p.communicate()
        
        if p.returncode != 0:
            shell("megahit {input} > {output}")

stdout, stderr= p.communicate() 捕获进程的标准错误、标准输出和返回码。您可以分析 stderr 和/或返回码来决定下一步该做什么。您可能需要比上述更多的东西，但希望这个想法是正确的。

【讨论】：

非常感谢！这非常有帮助，我已将其写入我的管道！真的很感激！