Jupyter Notebook io.StringIO 作为输出答案

【问题标题】：Jupyter Notebook io.StringIO as outputJupyter Notebook io.StringIO 作为输出
【发布时间】：2020-04-04 03:15:34
【问题描述】：

输入

Blast_aa_mc = qblast("blastp","nr", aa_mc[2])
Blast_aa_mc

输出

<_io.StringIO at 0x12a1a48>

什么是_io.StringIO？这是什么意思？我期待的是某种字符串或数组。有没有更好的方法来做到这一点？

【问题讨论】：

标签： python jupyter-notebook bioinformatics biopython stringio

【解决方案1】：

您可以通过Bio.SearchIO模块解析从qblast()返回的结果句柄，例如

from Bio import SearchIO
from Bio.Blast import NCBIWWW

Blast_aa_mc = NCBIWWW.qblast("blastp","nr", aa_mc[2])
blast_qresult = SearchIO.read(Blast_aa_mc, "blast-xml")
print(blast_qresult)

这在我最近的Biopython Jupyter Notebook tutorial 中有介绍。

对于多个结果，请使用SearchIO.parse(Blast_aa_mc, "blast-xml")（将list() 包裹起来以在内存中创建一个列表）

【讨论】：

【解决方案2】：

StringIO 是标准库中 Python 的 io 模块中的一个类。本质上，StringIO 对象的行为类似于 Python 文件对象，它不存储在磁盘上，而是保存在内存中。

我们来看一个简单的例子：

f = io.StringIO("Some initial\ntext data.")

如果你把它打印出来，你会得到和你类似的结果：

print(f)

>> <_io.StringIO object at 0x7f4530264a68>

如何处理？嗯，几乎任何你可以用文件对象做的事情，你都可以用 StringIO 对象做。例如获取 f 中所有行的列表：

    content = f.readlines()
    print(content)

    >> ['Some initial\n', 'text data.']

并获取包含所有内容的单个字符串：

print(''.join(content))

>> 'Some initial
text data.'

请注意，您只能调用一次 readlines - 就像文件一样。第二次调用 readlines 将返回一个空列表。

【讨论】：