使用子进程从 Python 调用 R，想要保留 STDOUT 并忽略 STDERR答案

【问题标题】：Using subprocess to call R from Python, want to keep STDOUT and ignore STDERR使用子进程从 Python 调用 R，想要保留 STDOUT 并忽略 STDERR
【发布时间】：2015-04-20 19:56:11
【问题描述】：

因此，我目前在 Python 中的这段代码可以在变量“run”中返回我的 STDOUT：

run = subprocess.check_output(['Rscript','runData.R',meth,expr,norm])

但它仍然会在屏幕上打印所有这些丑陋的文本，因为必须在 R 等中安装一个包等等。所以我希望它被忽略并发送到 STDERR。有没有办法做到这一点？这是我目前正在做的，但它似乎不起作用。同样，我只是希望它忽略它在屏幕上打印的内容，除了结果。所以我想忽略STDERR并保留STDOUT。谢谢！

run = subprocess.Popen(['Rscript','runData.R',meth,expr,norm],shell=False,   stdout=subprocess.PIPE,stderr=devnull)

【问题讨论】：

标签： python subprocess stdout popen stderr

【解决方案1】：

为避免完全使用管道 stderr，您可以将其重定向到 os.devnull:

os.devnull

空设备的文件路径。例如：'/dev/null' 用于 POSIX，'nul' 用于 Windows。也可以通过 os.path 获得。

import os
import subprocess
with open(os.devnull) as devnull:
    subprocess.Popen([cmd arg], stdout=subprocess.PIPE, stderr=devnull)

【讨论】：

【解决方案2】：

我一发布这个问题就解决了我的问题！我很抱歉！它是这样工作的：

 output = subprocess.Popen(['Rscript','runData.R',meth,expr,norm],shell=False, stdout=subprocess.PIPE,stderr=subprocess.PIPE)

 final = output.stdout.read()

这忽略了命令行中的杂乱内容并将我的结果保存到最终结果中。

感谢大家的快速回复！

【讨论】：

这不是一个好的解决方案。如果 stderr 填满，则子进程挂起。 final, err = output.communicate() 会更好。