如何将换行符转换为制表符，然后在bash的循环中插入换行符答案

【问题标题】：How to convert the new line character to tab and then insert new line character in a loop in bash如何将换行符转换为制表符，然后在bash的循环中插入换行符
【发布时间】：2016-08-16 14:59:36
【问题描述】：

我的输入目录中有一些bam 文件，对于每个bam 文件，我想计算映射读取的数量（使用Samtools view 命令）并打印该数字以及bam 的名称文件转换为输出文件。虽然它正在工作，但我没有得到我想要的输出。

这是我的代码的样子

for file in input/*;
        do
        echo $file >> test.out;
        samtools view -F 4 $file | wc -l >> output;
        done

这很好用，但问题是它会在不同的行中输出文件名和读取次数。这是一个例子

sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam
1784867
sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG2AlnRep1.bam
2280544

我试图通过这样做将换行符转换为制表符

for file in input/*;
            do
            echo $file >> output;
            samtools view -F 4 $file | wc -l >> output;
            tr '\n' '\t' < output > output2
            done

这是相同的输出

sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam      1784867 sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG2AlnRep1.bam       2280544

现在如何在每行之后插入换行符？例如

sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG1bAlnRep1.bam      1784867     
sample_data/wgEncodeUwRepliSeqBg02esG2AlnRep1.bam       2280544

谢谢

【问题讨论】：

为什么不建生产线？ echo -e "$file\t$var"，其中$var 包含samtools view... 的输出。

标签： bash for-loop

【解决方案1】：

您可以通过将所有内容写在一行中来获得所需的输出。比如：

echo -e "$file\t$(samtools view -F 4 $file | wc -l)" >> output;

如果你想分成两部分，请注意echo 有一个-n 选项来抑制尾随换行，-e 可以解释像\t 这样的转义，所以你可以这样做：

echo -ne "$file\t" >> $output
samtools view -F 4 $file | wc -l >> output

第一次写出你想要的东西比尝试后处理你的输出更干净。

【讨论】：

【解决方案2】：

如果每个文件的输出肯定由文件名和数字组成，我想你可以很容易地改变

tr '\n' '\t' < output > output2

到

tr '\n' '\t' < output | sed -r 's/([0-9]+\t)/\1\n/' > output2

它将匹配数字后跟一个制表符，然后添加一个换行符。

【讨论】：

工作得很好。是的，所有文件的输出都是相同的。我怎么会忘记sed 的力量。顺便问一下\1 在那里做什么？是为了捕获类似于R 的组吗？谢谢..
是的，\1 指的是第一个匹配的组件，即 ([0-9]+\t) 用括号括起来。 :-)

【解决方案3】：

只需使用命令替换：

for file in input/*
do
    printf '%s\t%d\n' "$file" "$(samtools view -F 4 $file | wc -l)"
done >> output

【讨论】：