将序列号添加到 FASTA 标头答案

【问题标题】：Add sequence numbers to FASTA headers将序列号添加到 FASTA 标头
【发布时间】：2016-01-25 12:47:44
【问题描述】：

我有一个 FASTA 序列文件，每个序列都以不同的标题开头。我需要为每个序列头添加以 1 开头的序列号（Seq1、Seq2、Seqn...）。以下是前三个：

输入：

>[organism=Fowl Adenovirus] Fowl Adenovirus FAdV hexon gene, isolate FAdV/SP/1184/2013
AACTGGATCGCGGAAGACGGTAACAAGACAACCATCACCGGACAAATGTCTAA
>[organism=Fowl Adenovirus] Fowl Adenovirus FAdV hexon gene, isolate FAdV/SP/1184/2013
AACTGGATCGCGGAAGACGGTAACAAGACAACCATCACCGGACAAATGTCTAA
>[organism=Fowl Adenovirus] Fowl Adenovirus FAdV hexon gene, isolate FAdV/SP/1184/2013
AACTGGATCGCGGAAGACGGTAACAAGACAACCATCACCGGACAAATGTCTAA

输出：

>Seq1 [organism=Fowl Adenovirus] Fowl Adenovirus FAdV hexon gene, isolate FAdV/SP/1184/2013
AACTGGATCGCGGAAGACGGTAACAAGACAACCATCACCGGACAAATGTCTAA
>Seq2 [organism=Fowl Adenovirus] Fowl Adenovirus FAdV hexon gene, isolate FAdV/SP/1184/2013
AACTGGATCGCGGAAGACGGTAACAAGACAACCATCACCGGACAAATGTCTAA
>Seq3 [organism=Fowl Adenovirus] Fowl Adenovirus FAdV hexon gene, isolate FAdV/SP/1184/2013
AACTGGATCGCGGAAGACGGTAACAAGACAACCATCACCGGACAAATGTCTAA

【问题讨论】：

标签： perl shell awk

【解决方案1】：

一个 awk：

awk '/^>/{gsub(/^>/,">Seq"i++" ");}1' i=1 file

【讨论】：

这可以简化为：awk '/^>/{sub(/^>/,">Seq"++i" ");}1' file;使用 GNU awk，您还可以使用“-i inplace”选项执行“就地”编辑。

【解决方案2】：

sed 's/>/> /' output_3.fasta > output_4.fasta
perl -pe 'BEGIN { our $i = 1; } s/>/">Seq".($i++)/ge;' < output_4.fasta

【讨论】：