尝试在 sed 或 awk 中使用变量答案

【问题标题】：Trying to use variable in sed or awk尝试在 sed 或 awk 中使用变量
【发布时间】：2014-03-12 11:56:54
【问题描述】：

我有 2 个单独的文本文件，每个文件的格式完全相同。我可以 grep FILE1.txt 查找特定搜索词并输出每个匹配项的行号。行号以数字顺序输出到文件或变量。

我想使用每个行号并将该行从FILE2.txt 按数字顺序打印到单个OUTPUT.txt。有谁知道一种方法，使用awk 或sed 来做到这一点？

我有一个值为 25 26 27 28 的字符串变量 $linenumbers。

我使用以下命令：

for i in $linenumbers;做 sed -n "/$I/p" $i test_read2.fastq >> test.fastq;完成。

我得到了

的错误

sed: can't read 25: No such file or directory

sed: 无法读取 26: 没有这样的文件或目录

sed: 无法读取 27: 没有这样的文件或目录

sed: 无法读取 28: 没有这样的文件或目录

如果我一个一个地执行这个 sed 命令，我可以从文件中提取第 25、26、27 和 28 行，并使用以下命令将其打印到文件中；

sed -n "25p" test_read2.fastq >> test.fastq

我想用变量替换“25p”，这样它就可以从文件中提取多行（25,26,27,28），而不是一一执行...

【问题讨论】：

请向我们展示您尝试过的一些代码。
@user3406833,给出一些输入和输出？

标签： awk sed grep fastq

【解决方案1】：

试试这个：

grep -n interesting FILE1.txt | cut -d: -f1 | while read l
do
   sed -n "$l p" FILE2.txt
done

例子：

$ cat FILE1.txt 
foo
bar
baz
$ cat FILE2.txt 
qux
quux
quuux
$ grep -n bar FILE1.txt | cut -d: -f1 | while read l; do sed -n "$l p" FILE2.txt; done
quux

【讨论】：

【解决方案2】：

不确定您到底想做什么。如果你想打印在lines 中定义的file 的行，你可以做awk 'NR==FNR{a[$0];next}FNR in a' lines file

测试：

$ cat lines
1
3
7
$ cat file
a
b
c
d
e
f
g

$ awk 'NR==FNR{a[$0];next}FNR in a' lines file
a
c
g

【讨论】：

感谢您的回复！我将您的 awk 命令与以下内容一起使用： > awk 'NR==FNR{a[$0];next}FNR in a' $linenumbers test_read2.fastq。这给了我一个错误：awk：无法打开 25（没有这样的文件或目录）。这很奇怪，因为 25 是我试图从 test_read2.fastq 文件中检索的行号。
我假设这些行存储在一个文件中。如果$linenumbers 是保存行号的变量，那么您应该改用进程替换：awk 'NR==FNR{a[$0];next}FNR in a' <(echo "$linenumbers") test_read2.fastq
谢谢！！！！做到了！！！我还用一个文件尝试了你的第一个建议，它也很有效……你已经结束了我整天寻找这个答案的过程！

【解决方案3】：

sed -n "` grep -n 'Yourpattern' File1.txt | sed 's/:.*/p/'`" File2.txt

注意YourPattern中的替换和（双）引号

【讨论】：