Python shell 中的命令行执行或 R 脚本文件出现问题答案

【问题标题】：Trouble with command line execution or R script file from within Python shellPython shell 中的命令行执行或 R 脚本文件出现问题
【发布时间】：2015-09-15 22:03:53
【问题描述】：

我目前正在使用 optparse 包将 R 脚本文件转换为接受 C 样式长短标志的命令行可执行文件。该程序在 Ubuntu 上运行。整个应用程序的执行由一个 Python 脚本控制，该脚本（1）首先使用os.system 在script.R 文件上调用chmod，如下所示：

import os 
os.system("chmod +x script.R; export PATH=$PATH:`pwd`")

然后我尝试在 Python 中再次使用os.system 执行程序，如下所示：

program_call = "script.R --arg1 1"
os.system(program_call)

这会返回错误：

sh: 1: script.R: not found
32512

真正令人费解的是，这在一天前还可以正常工作，现在却出错了。我正在和其他几个人一起开发这个应用程序，所以我想知道这是否可能是由于我的管理权限的更改引起的。我已经验证所有必要的文件都包含在当前工作目录中。

【问题讨论】：

到目前为止，我想出的最好方法是 rm -rf git repo，重新克隆它，然后关闭除一个终端窗口之外的所有窗口。由于某种原因，这有效，程序停止抛出错误。仍然不知道为什么会发生这种情况

标签： python r shell ubuntu

【解决方案1】：

第一次调用os.system 时对PATH 环境变量的更改不会延续到第二次调用，因为它是一个单独的shell 进程。如果您改为在 Python 中修改 PATH，它应该可以工作。试试

os.environ['PATH'] += ":" + os.getcwd()
os.system("chmod +x script.R")
program_call = "script.R --arg1 1"
os.system(program_call)

【讨论】：