跨 10 个大型数据集相交并自动合并

Question

我有 10 个 data.frames，其中 2 列名称为 s 和 p。 s 用于sequence，p 用于p-values。我想找到与所有data.frames 相交的序列，所以我这样做了：

# 10 data.frames are a, b, c, ..., j
masterseq_list <- Reduce(intersect, list(a$s, b$s, c$s, d$s, e$s, f$s, g$s,h$s, i$s,j$s))

我想采用masterseq_list 并通过这个新的简化序列合并每个数据帧a:j，所以我留下每个data.frame 将masterseq_list 作为新列而不是s 和@987654336 @保持不变。我知道我可以以某种方式使用此代码，但如果我想要的列当前是一个列表，我真的不确定该怎么做。

total <- merge(data frameA,data frameB,by="s")

文件真的很大，所以我想找到一种方法来自动化这个，我怎样才能更快更有效地循环呢？非常感谢！

Answer 1

我首先将所有data.frames 放在list 中：

my_l <- list(a,b,c)
# now get intersection
isect <- Reduce(intersect, lapply(my_l, "[[", 1))
> isect
# [1] "gtcg"  "gtcgg" "gggaa" "cttg" 

# subset the original data.frames for just this intersecting rows
lapply(my_l, function(x) subset(x, s %in% isect))